中国部分地方鸡mhc b-lbⅱ、b-g基因变异及其群体遗传结构研究.pdf

华中农m夫掌博±掌位饨。支 引进国际先进农业科学技术项目“948” 国家重点基础研究发展规划 国家自然科学基金 国家高技术研究计划 资助项目 年中$m^掌*±拳mteX 中文摘要 鸡的主要组织相容性复合体(major histocompatibility B区的基因群包括B．F(I 染色体上的一组紧密连锁、高度多态的基因群，位于MHC 组织相容性，其不仅与免疫应答和免疫调节密切相关，而且对许多重要经济性状也有 一定影响。将MHC与分子生物学、免疫遗传学、群体遗传学等相结合研究，将成为 家禽遗传育种，尤其是抗病育种领域的焦点。本研究利用生物信息学与群体遗传学、 分子生物学技术相结合的方法，以12个中国地方鸡品种为实验材料，对其MHC 召．G基因和口．LBII基因的遗传变异及群体遗传结构进行研究，取得了如下结果： 1．采用RT—PCR和RACE技术，获得了鸡的MHCB-G基因的全长cDNA序列，推导 出了相应的MHC型口．G抗原分子氨基酸序列，并对其抗原性进行了初步预测。 2．对中国8个地方鸡品种B．G基因第二外显子序列的遗传多态性进行研究表明，核 苷酸的多态变异位点为37个，其中简约性信息位点29个，单变异位点8个：各变异位 于同义替换率。2．34±0．90％。 3．发现了属于10个等位基因主型的31个俨占新等位基因，利用人和哺乳动物 AY792340 录号分别为： AY744339-AY744348．AY792330一AY792338，和 等位基因间的系统发生关系进行了分析。 4．对中国8个地方鸡品种B．LBII基因第二外显子序列的遗传多态性进行研究表 明，核苷酸的多态变异位点为68个，其中简约性信息位点51个，单变异位点17个：序 ±O．94％。为鸡口也口II基因多态性进化机制研究提供了参考资料。 GenBank；OenBank 收录号分别为：AY744338， II新等位基因间的系统发 生关系进行了分析。 6．对口也口II基因和B-G基因第二外显子所分别编码的B I、类Ig．v结构域氨基 酸序列的遗传变异进行了分析，并对其抗原性、亲水性和疏水性进行了初步预测。 7．本研究首次对部分家禽(家鸡、雉鸡、鹌鹑)B-LBlI基因第二外显子与哺乳动 物(人、猪、奶牛、绵羊、山羊、小白鼠和大鼠)MHCII类B基因第二外显子序列进 行了比较。结果表明，该序列在家鸡间的同源性达91．1．97．8％，家鸡与雉鸡、鹌鹑问 中豳部分地方璃种删C蹦占1I、口昭l固定鼻a其群体遣传螬相研竞 53．7．60％和53．3．57．8％。第二外显子核苷酸异义替代率高于同义替代率，且家禽的异 义替代率和同义替代率均低于哺乳动物。在U类B链抗原分子B1结构域氨基酸序列 中可共价形成二硫键的两个半胱氨酸残基均非常保守；该序列中禽类、人类和反刍类 的糖基化位点较猪和鼠类更保守些。同人类、反刍类和猪的DQ口1基因第二外显子比 较，发现鼠类DQ曰1第=外显子均存在如下差异：第195．200位有六个碱基缺失、第 氨基酸残基缺失和第85位氨基酸残基的插入。并发现人类DPBl第二外显子较DQ丑1 B1结构域第24、25、26 于第72．77位有六个碱基缺失的差异，此引起了人类DPBl 位的三个氨基酸残基缺失。系统发生关系分析表明，禽类B_L占II基因与哺乳动物DJ舳、 D∞、DPB和DOB基因间无直向进化关系；家鸡与雉鸡的亲缘关系较近，与鹌鹑的 亲缘关系较远：哺乳动物DQ口与DPB