河北柴鸡mc1基因变异研究.pdfVIP

摘 要 黑素皮质素受体1 （melanocortin 1 Receptor ，MC1R ）基因作为影响家禽羽色遗 传的一个重要基因，本研究以MC1R 基因作为影响家禽羽色的候选基因，采用 PCR 产物直接测序的方法，对河北柴鸡的黑羽、灰麻、黄麻和白羽四个色系，以及海兰褐 和罗曼褐两个配套系红羽鸡MC1R 基因的整个编码区进行了单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism ，SNP）筛查和遗传多样性分析，并采用SNPs 基因型频率和 单倍型等位基因频率相结合的方法分析了MC1R 基因SNPs 与鸡羽色的关系，以及各 羽色中等位基因的分布情况，以探讨MC1R 基因变异对河北柴鸡对羽色遗传的影响， 从而为河北柴鸡新品系的选育提供参考依据。 结果表明，经过一个世代的提纯，主要羽色类型，即灰麻和黄麻在整个品种中的 含量分别提高了7.52%和7.60% 。尤其灰麻在整个品种中居于主要地位，所占比例接 近60%，为今后今后的提纯扩繁打下了基础。并且这两个色系的各核苷酸多样性参数 也有所降低，纯合基因型 e+ (AB220303)/e+ (AB220303) 和 e+ (Brown Leghone)/e+ (Brown Leghone)的分布明显增多，提纯效果比较显著。 利用PCR产物直接测序法，在所有分析群体的鸡MC1R 基因编码区筛查到18个 SNPs，而在河北柴鸡中发现10个新SNPs，即97TA、178GA、207GA 、334CT、 398TC、409GA、486CT、550delA、551delA和552delC （或552CT ）。然后对各 群体进行遗传多样性分析，发现河北柴鸡各色系的单倍型多样性（0.727~0.905 ）、核 苷酸多样性（0.0039~0.0052 ）和平均核苷酸差异数（2.551~3.381 ）都明显比海兰褐和 罗曼褐高。 通过对MC1R基因各SNPs与羽色相关性分析，发现9个SNPs，即69CT、212TC 、 274GA 、376GA 、398TC 、427AG 、636GA、637TC和644AC所形成的各种 MC1R基因型与鸡羽色性状均达到了极显著或显著水平。并结合氨基酸水平的单倍型 等位基因分布进行了分析，推测Val126Ile突变（376GA ）可能也会形成一个组成型 活性受体，与Glu92Lys突变共同影响真黑素的分布。 根据对各单倍型等位基因在不同羽色中分布的统计，发现河北柴鸡的黑羽系以显 性等位基因E (AY220304) 为主；灰麻和黄麻系分别以隐性等位基因e+ (AY220303) + + 和e (Brown Leghone)为主；其中e (Brown Leghone)是海兰褐和罗曼褐这两种红羽鸡 的优势等位基因。另外，罗曼褐中Allele18 的频率也较高，结合该品种的选育途径， 推测该等位基因可能是eWh 。 本研究结果表明，经过一个世代的选育，河北柴鸡羽色的选育均取得了一定进展， 并且该品种的MC1R 基因遗传多样性丰富，与其丰富的羽色相应，可以为今后的选育 提供优良基因资源。某些SNPs 与羽色显著或极显著相关，推测MC1R 基因是鸡羽色 的主要候选基因。 关键词：河北柴鸡；MC1R 基因；变异 Study on Selection Breeding and Variation of MC1R Gene in Hebei Domestic Chicken Author: GUO Xiuli Tutor: Pro. LI Xianglong Major: Animal Genetics, Breeding and Reproduction Abstract Melanocortin-1-receptor (MC1R), an important gene in investigation on t