质谱数据定量与分析方法.pptVIP

无标记定量中差异分布 分段估计方差 带有参数的分布模型 极大似然估计—直接优化似然函数 初始值的选择决定成败 标记定量软件SILVER C++语言 GUI 交互操作 批量数据处理 文件格式支持：XML，Mascot dat和html 多线程，图谱、XIC导出，多种输出格式，算法优化 索引文件和速度提升 索引文件和数据结构 Scan number到MS图谱索引：Hash表 图谱中Isotopic peaks定位：二分法查找 无标记定量软件LFQuant 重复实验支持 定量精度和参数优化 速度：1 s可以定量1000个肽段 支持pepXML，protXML，mzXML，mzData，mzML 蛋白质组装和未鉴定肽段搜索 RT对齐、信号归一化 从搜库（SEQUEST）到定量完成的全流程自动化，有GUI界面 LC-MS策略支持软件XICFinder 不需要鉴定信息，直接从MS图谱中解析同位素峰簇 考虑了XIC截断，同位素峰叠加，母离子误差校正等问题 提供了信噪比、同位素分布拟合优度等过滤 测试：发现采用严格过滤规则，则鉴定肽段也可能不能定量，说明和LC-MS/MS策略可以相互补充 第三部分：进一步的思考 预分离和信号归一化 SDS分离 蛋白质多条带分布 条带切割的不均匀性 不同实验之间信号不可比 1D-SDS PAGE 和Label free定量 蛋白质的多条带分布问题没有提及 多条带分布的原因：修饰、误切、可变剪接 信号归一化“局部效应” 仅仅考虑了信号强度因素 RPLC和ESI过程中的离子抑制效应和Matrix effect：信号的局部归一化 寻找RT轴上的校正曲线：不变量 可能方法 仪器加性电子噪声的不变性 图谱信号统计不变量 小波去噪 蛋白质组装与定量 Quant：MS ID score：MS/MS PCP: sequence Quant：MS PCP: sequence 影响图谱质量，从而影响 ID Score 决定碎裂模式， 影响 ID score 蛋白质 肽段 RPLC分离过程中肽段之间相互影响 色谱流出曲线与肽段混合物有关 MS response不仅仅由肽段自身属性决定，还与其它混合在一起的肽段相关 肽段检测效率预测问题 贝叶斯网络 蛋白质 肽段 肽段 肽段 酶切模型 MS图谱(多张，组成XIC） MS/MS图谱（多张，重复鉴定） 母离子误差分布 同位素分布匹配 XIC形状 定量指标 序列 物理化学属性 碎裂模式 图谱质量 搜库打分 重复鉴定次数 共享肽段问题：肽段有多个父节点 感谢 北京蛋白质组研究中心-贺福初，钱小红，朱云平研究员 北京蛋白质组研究中心-刘科辉博士，马洁博士 团队主要成员： 博士张纪阳，刘伟 博士生孙汉昌，徐长明，张伟，刘辉，唐海 琳，王腾蛟 硕士生马海滨 谢谢大家！ 本文欣赏结束 红藕香残玉簟秋，轻解罗裳，独上兰舟。 云中谁寄锦书来？雁字回时，月满西楼。 谢谢欣赏！！ * * 蛋白质学组中质谱数据定量分析方法研究 谢红卫 国防科学技术大学机电工程与自动化学院自动控制系 2010.5.15 主要内容 研究背景（我们对定量问题的认识） 定量数据分析面对的问题 定量数据分析的基本方法 已有定量软件和应用情况 研究内容和结果 定量信息提取方法及问题 多批次定量数据的对应及重复实验 差异显著性检验 计算问题和软件开发 未来工作 第一部分：研究背景 定量数据分析面对的问题 大规模Biomarker 发现 低丰度蛋白质 信号S/N低+鉴定信息少 重复实验数据综合 蛋白质和肽段预分离技术策略的数据综合 Biomarker验证 靶标分析 靶标挑选（MRM）肽段分析效率预测（绝对定量）生物样本蛋白质表达的随机变化影响 临床诊断 直接寻找差异 肽段组学，肽段特征矩阵，LC-MS策略，信号直接对比+有选择鉴定 定量数据分析的基本方法 不包括MRM、iTRAQ和SC定量 标记定量 无标定量 计算问题 图谱定量信息提取同位素峰簇处理 肽段定量指标计算比值计算，XIC处理，母离子误差校正 RT对齐LC-MS策略和LC-MS/MS策略的不同 信号归一化消除系统误差 差异显著性检验考虑信号强度影响 质谱信号与定量 无标记：同位素峰 标记：配对的同位素峰 图谱定量信息提取方法 基本方法 最大值法，平滑积分法，信号求和，构建3D peaks（MaxQuant），函数拟合 附加处理 小波去噪，同位素分布约束，信噪比过滤 结果形式 标记定量：比值，定量指标 无标定量：定量指标 肽段定量指标计算 可选步骤 去噪处理：