基于SNP遗传图谱定位甘蓝型油菜千粒重QTL位点.pdfVIP

中国农业科学 2014,47(20):3953-3961 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2014.20.003 基于SNP遗传图谱定位甘蓝型油菜千粒重QTL位点 1 1 2 1 1 1 荐红举 ，魏丽娟 ，李 超 ，唐章林 ，李加纳 ，刘列钊 1 2 （西南大学农学与生物科技学院，重庆 400715 ； 贵州省油料作物研究所，贵阳 550006 ） 摘要：【目的】甘蓝型油菜籽粒重量是构成油菜单株产量的三大因素之一（单株有效角果数、每角果粒数、 粒重），是重要的育种目标。通过对 5 种环境下甘蓝型油菜千粒重进行 QTL 定位分析，寻找甘蓝型油菜千粒重的 QTL及影响本甘蓝型油菜群体千粒重的候选基因。【方法】利用重组自交系群体在德国吉森、重庆北碚5种不同的 环境下，测定各株系天然种子千粒重。利用重庆市油菜工程技术研究中心实验室构建的 SNP 高密度遗传图谱扫描 5 种环境中的千粒重 QTL。该遗传图谱包括 2 795 个 SNP 位点，覆盖甘蓝型油菜基因组 1 832.9 cM，标记之间的 平均距离为0.66 cM。利用Windows QTL Cartographer2.5复合区间作图法对千粒重进行QTL定位。将49 个拟南 芥粒重相关基因与 QTL 对应置信区间序列进行同源比较分析（E 值1E　21 ），找出可能与甘蓝型油菜千粒重关联的 候选基因。【结果】5种环境中千粒重变异范围较大，且均呈现正态分布，符合QTL定位要求。在5 种环境之间千 粒重均表现出正相关，其中，2013 年北碚与 2012 年北碚、2008 年吉森达到极显著水平，相关系数分别为 0.248 和0.249；2012年北碚与2010年北碚、2011年北碚及2008年吉森达到显著相关，相关系数分别为0.226、0.397 和 0.190。5 种环境中共检测到 14 个 QTL，分布在 9 条染色体，其中，C03 染色体 3 个，A06、A07 和 C01 各有 2 个，A03、A05、A08、A10 和 C02 染色体上各有 1 个，LOD 值在 2.57—6.05，单个 QTL 解释的表型变异为 4.64%— 14.13%。与拟南芥粒重基因进行同源性分析，有16个粒重相关基因落在8 个QTL置信区间，匹配 -21 E 值介于 0—2E 。 其中QTL qTSWA07-2 区间内筛出7个粒重基因。粒重基因TTG2 在 qTSWA03-1 与 qTSWC02-1 2个QTL区间内均被检 测到。AHK3 在 qTSWA07-2、qTSWA08-1 与 qTSWC01-1 区间内被检测到。【结论】利用该套油菜60K芯片准确定位了 5 种环境条件千粒重的 QTL 位点，与拟南芥粒重基因比对出该群体油菜粒重基因，该结果有利于不同材料在使用 该套SNP芯片分析及对千粒重QTL位点的比对和候选基因的分析。 关键词：甘蓝型油菜；单核苷酸多态性；遗传图谱；粒重；数量性状位点 QTL Mapping of 1000-Seed Weight in Brassica napus by Using the High Density SNP Genetic Map 1 1 2 1 1