内蒙古绒山羊角白5(k5)基因启动子多态性及其与绒毛性状相关性.pdfVIP

摘 要 本研究以内蒙古绒山羊 150 只个体为材料，利用DNA 测序和序列分析、生物信息 学分析、SSCP 技术，克隆和分析绒山羊 K5 基因启动子区，并研究了 K5 基因启动子 的多态性。通过生物统计学软件的应用，对一些绒毛性状指标进行了统计分析，这些 指标包括产绒量、毛长、毛细度、绒长、绒细度和绒厚度。对检测的 3 个 SNP 位点进 行了频率、平衡性、遗传多态性及其绒毛性状的相关性进行统计分析。 试验一：参考牛 K5 启动子序列设计 6 对引物克隆绒山羊 K5 启动子区 4671bp， 并以 20 只绒山羊的混合 DNA 作为模板进行 PCR 扩增，PCR 产物回收纯化后进行双向 测序发现有三个多态位点，分别位于 ATG -697bp，-2576bp 和-2770bp 处。分析绒山 羊 K5 基因启动子的结构，发现绒山羊 K5 基因启动子 ATG－101 bp 位置是转录起始位 点；两个 TATA 盒分别位于 ATG -129—-124 bp 和-178—-174 bp 位置；通过在线软 件预测发现 (按 5′→3′)有 24 种转录因子结合位点。其中，转录因子 Lyf-1和 CDP CR 是绒山羊特有的；转录因子 HNF-4，AML-1a，HSF2，AP-4，AP2，SP1，Nkx-2 和 GATA-1 在绒山羊、牛和人 K5 启动子上的结合位点高度保守。另外，绒山羊和牛两个最小增 强子的位点在相同位置，分别位于 ATG-138—-89 bp 和-114—-65 bp 位置，含有 26 bp 重叠区。发现突变位点后再一次进行序列分析发现在 ATG -697bp 处 G→A 突变后预测 出转录因子 HSF2 结合位点，-2576bp 处 C→A 突变导致 GATA-3 转录因子结合位点的 出现，－2770bp 处突变没有预测出任何转录因子结合位点。 试验二：以 150 只内蒙古绒山羊为研究对象，对 K5 基因启动子采用 SSCP 方法进 行多态型检测。结果表明：(1)K5启动子 P1 引物(-697bp 处)没有出现多态。P2 引物 扩增片段中存在－2509(G/A)和－2576(C/A)2 个 SNP 位点，表现为 AA、BB、CC、AB、 AC、BC 和 CD 7 种基因型，其基因型频率分别为 49.3%、1.3%、5.3%、19.3%、15.3%、 2 7.3%和 1.3%。经 χ检验后，该等位基因频率不处于哈迪温伯格平衡 (P0.05)，多 态信息含量 (PIC)为 0.5039，属与高度多态(PIC0.5)。(2)1 个 SNP 多态位点在 P3 引物扩增片断中，位置在在 ATG 上游－2770(G/A)，表现为 AA、AG、和 GG 3 种基因 2 型，其基因型频率大小为：AAAGGG。经 χ检验后，内蒙古绒山羊群体在该位点未 达到哈迪温伯格平衡态 (P0.05)，多态信息含量 (PIC)为 0.3333,属与中度多态 (0.25PIC0.5)。关联分析表明：(1)P2引物之间的多态位点的AB、BC 和 CD 型个体 的绒长显著高于AA、BB、CC 和 AC 型个体(P0.05)；7 种基因型对产绒量、毛长、毛 细、绒细和绒厚均没有显著影响 (P0.05)。(2)P3 引物之间的 3 种基因型 (AA、AG 和 GG)多态性，对绒毛性状都没有显著的影响 (P0.05)。因此K5 基因启动子－2509(G/A) 和－2576(C/A)2 个 SNP 位点可能作为绒长选择的 DNA 标记。 关键词：内蒙古绒山羊；K5 启动子；序列分析；SSCP；SNP；绒毛性状；相关分析 Study of Keratin 5 Gene Promoter Polymorphism and Their Associations with Wool Traits in Inner Mongolia Cashmere Goats Abstract In this study, the materials are 150 individuals of the Inner Mongolia cashmere goats. We used the DNA sequencing and sequence