绵羊hoxc8hoxd11基因甲基化和突变位点的研究.pdf

本研究由以下项目资助： 国家十一五科技支撑计划资助项目：畜禽基因资源发掘与种质创新 利用研究 （2006BAD13B08 ） National 11th Five-year Scientific Support Plan of Funded Projects: Research on Gene Resource and Innovative Utilization of Germplasm in Livestock and Poultry (2006BAD13B08) 国家自然科学基金项目：多脊椎蒙古羊Hoxc8 DNA 甲基化与多胸 椎性状相关性的研究 Projects of National Natural Science Foundation of China: Study on Correlation of DNA Methylation in Hoxc8 and Multi-Thoracic Vertebrae Characters of Mongolia Sheep 摘 要 本研究测定了绵羊 Hoxc8 和 Hoxd11 基因，比对了蒙古羊和德国美利奴肉羊， 道塞特肉羊、澳洲美利奴细毛羊的 Hoxc8 基因的甲基化位置、数量、稳定程度、世 代间的传递特征、配子与合子的基因序列甲基化的状态差异、性别之间的甲基化的 特点、甲基化的遗传方式、单倍体和二倍体甲基化的差异，讨论了甲基化的功能和 机理，以及甲基化的量子力学性质，甲基化上述特点与胸椎和腰椎数变异之间的关 系，甲基化特征作为分子标记应用于绵羊育种的可能性和可行性等。 绵羊的 Hoxc8 基因 exon-1 为 436 bp ，exon-2 为 293 bp ，intron 为 1379bp，全长 2108 bp (GenBank Accession No ：GU479925) 。Hoxc8 exon-1 序列共有 35 个 CpG ， C+G = 61.01% 。其中位于密码第 1-2 位的 CpG 共 2 个，全部编码精氨酸。位于密码 第 2-3 位的 CpG 共 13 个，位于密码 3-1 位的 CpG 有 20 个。Hoxc8 exon-1 的 CpG 数量明显高于第二外显子（12 个）。 绵羊 Hoxd11 基因 exon-1 为 778 bp ，exon-2 为 236 bp ，intron 为 762 bp ，全长 为 1776 bp (GenBank Accession No.GU059862) 。Hoxd11 exon- 1 序列共有 120 个 CpG ， C+G = 76.74% 。其中位于密码第 1-2 位的 CpG 共 8 个，全部编码精氨酸。位于密码 的第 2-3 位的 CpG 共 47 个，位于密码 3-1 位的 CpG 有 65 个。Hoxd11 exon-1 的 CpG 数量明显高于第二外显子（12 个）。这些特征与 Hoxc8 基因非常接近。Hoxc8 和 Hoxd11 exon-1 序列中的高密度 CpG ，提示这两个序列有可能是甲基化的高发区。 德国美利奴、道塞特、澳洲美利奴等国外品种的 Hoxc8 和 Hoxd11 ，与蒙古羊 相比，存在品种差异。蒙古羊 Hoxc8 基因发现 5 个突变位点（494 b ，插入一个 C ； 1120 b ，C→T ；1528 b ，T→C ；1922 b ，A→G ；2063 b ，A→G ），Hoxd11 基因发现 3 个突变位点（47 1 b ，C→T ；693 b ，C→A ；1034 b ，G→A ）。外国绵羊Hoxc8 基 因发现 1 个突变位点（1528 b ，T→C ），Hoxd11 基因未发现突变位点。 Hoxc8 基因 exon- 1 的 BSP 结果，表明纯种蒙古羊甲基化率与胸椎数有关；国外 品种和杂交后代胸椎数与甲基化率无关；合子的甲基化率显著高于精子甲基化率； 表明了 Hoxc8 基因具有基因组印记特征。 外显子序列的甲基化在转录和翻译过程中的功能，与甲基化导致的碱基序列的 量子力学变化有关。 关键词：Hox；甲基化；突变；BSP；基因量子力学 Research on the Hoxc8 and Hoxd11 Meth