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6两种微小RNA实时定量PCR检测方法比较.pdf
生 技 术 通 讯
LET1TTrERS IN BIOTECHNOLOGY …Vo1..2…1N—o..一3M一一ay,,2010 377
doi:10.3969~.issn.1009—0002.2010.03.019 研究报告
2种微小 RNA实时定量PCR检测方法的比较
时宿妹 ,张越 ,张传宇 ,孙奋勇
暨南大学 生命科学技术学院生物工程研究所 ,广东 广州 510632
[摘要] 目的:对 目前最常用 的检测微小 RNA(miRNA)的茎环实时定量 PCR法和PAP实时定量PCR法进行 比较。
方法 :分别用茎环实时定量PCR法和PAP实时定量 PCR法检测人乳腺癌细胞 MCF一7中U6和23种miRNA的表
达 ,利用定量 PCR分析软件和琼脂糖凝胶 电泳方法 ,将2种方法在 引物设计难度 、特异性与灵敏度 ,以及检测通量
方面进行 比较。结果 :茎环法 的特异性和灵敏度比PAP法高,但引物设计难度大 ,检测通量低 ;PAP法引物设计难度
较低 ,检测通量较高,但特异性和灵敏度较差。结论 :茎环法实时定量PCR适于有针对性地检测小规模 miRNA,而
PAP法则适于大规模 miRNA筛选实验。
[关键词] 微小RNA;茎环实时定量PCR;PAP实时定量 PCR;检测
[中图分类号] Q78 [文献标识码] A [文章编号] 1009-0002(2010)03—0377—08
Comparison ofTwo M ethods for Detection of microRNA by Real-
TimeQuantitativePCR
SHISu-Mei,ZHANG Yue,ZHANG Chuan-Yu,SUN Fen-Yong
InstituteofBioengineering,CollegeofLifeScienceandTechnology,JinanUniversity,Guangzhou510632,China
[Abstract]Objective:Weaim tocomparetwomethodsperformanceondetectingmicroRNA(miRNA)expression
leve1.ThewtOmethodsarestem—loopreal—timequantitativePCR(stem—loopqPCR1andPAPreal—timequantiattive
PCRfPAPqPCR).Methods: WeinvastigatedtheexprssionofU6andwtenty—threemiRNAsinMCF一7cellsby
stem-loop qPCR and PAP qPCR.Fourcharactersofdetection performance,which includesprimerdesigning,speci—
ficity, sensitivity and throughput, have been assessed by analysissoftware ofreal-time quantitative PCR and a—
garosegelelectrophoresis. Results: Compared with the PAP qPCR, the stem—loop qPCR isa morespecific and
sensetive detectivemethod, although itsprimerdesing ismore sophisticated nad throughputislower. Conclusion:
The stem-loop qPCR issuitable for small—scale detection ofmiRNAs. and the PAP qPCR issuitable ofr large
scale screening ofmiRNAsexperiment.
[Keywords】 mieroRNA;stem-loopreal—timequantiattivePCR;PAPreal-timequantitativePCR;de
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