6两种微小RNA实时定量PCR检测方法比较.pdfVIP

生 技 术 通 讯 LET1TTrERS IN BIOTECHNOLOGY …Vo1．．2…1N—o．．一3M一一ay，，2010 377 doi：10．3969~．issn．1009—0002．2010．03．019 研究报告 2种微小 RNA实时定量PCR检测方法的比较 时宿妹 ，张越 ，张传宇 ，孙奋勇 暨南大学 生命科学技术学院生物工程研究所 ，广东 广州 510632 [摘要] 目的：对 目前最常用 的检测微小 RNA(miRNA)的茎环实时定量 PCR法和PAP实时定量PCR法进行 比较。 方法 ：分别用茎环实时定量PCR法和PAP实时定量 PCR法检测人乳腺癌细胞 MCF一7中U6和23种miRNA的表 达 ，利用定量 PCR分析软件和琼脂糖凝胶 电泳方法 ，将2种方法在 引物设计难度 、特异性与灵敏度 ，以及检测通量 方面进行 比较。结果 ：茎环法 的特异性和灵敏度比PAP法高，但引物设计难度大 ，检测通量低 ；PAP法引物设计难度 较低 ，检测通量较高，但特异性和灵敏度较差。结论 ：茎环法实时定量PCR适于有针对性地检测小规模 miRNA，而 PAP法则适于大规模 miRNA筛选实验。 [关键词] 微小RNA；茎环实时定量PCR；PAP实时定量 PCR；检测 [中图分类号] Q78 [文献标识码] A [文章编号] 1009-0002(2010)03—0377—08 Comparison ofTwo M ethods for Detection of microRNA by Real- TimeQuantitativePCR SHISu-Mei,ZHANG Yue，ZHANG Chuan-Yu，SUN Fen-Yong InstituteofBioengineering，CollegeofLifeScienceandTechnology，JinanUniversity，Guangzhou510632，China [Abstract]Objective：Weaim tocomparetwomethodsperformanceondetectingmicroRNA(miRNA)expression leve1．ThewtOmethodsarestem—loopreal—timequantitativePCR(stem—loopqPCR1andPAPreal—timequantiattive PCRfPAPqPCR)．Methods： WeinvastigatedtheexprssionofU6andwtenty—threemiRNAsinMCF一7cellsby stem-loop qPCR and PAP qPCR．Fourcharactersofdetection performance，which includesprimerdesigning，speci— ficity， sensitivity and throughput， have been assessed by analysissoftware ofreal-time quantitative PCR and a— garosegelelectrophoresis． Results： Compared with the PAP qPCR， the stem—loop qPCR isa morespecific and sensetive detectivemethod， although itsprimerdesing ismore sophisticated nad throughputislower． Conclusion： The stem-loop qPCR issuitable for small—scale detection ofmiRNAs． and the PAP qPCR issuitable ofr large scale screening ofmiRNAsexperiment． [Keywords】 mieroRNA；stem-loopreal—timequantiattivePCR；PAPreal-timequantitativePCR；de