dRNA-seq原理及在原核生物转录组学的研究中的应用.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2013 8 , 35(8): 983―991 ISSN 0253-9772 综 述 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2013.00983 dRNA-seq 原理及其在原核生物转录组学研究中的应用 1, 2 3 1 1 侯志伟 , 王 , 高宏 , 侯圣伟 赟 1. , , 430072; 2. , 100049; 3. , 467036 第二代测序技术不仅推进了基因组学的研究, 而且也广泛应用到转录组学的研究中。原核生物转录组学 的研究方法主要有Tiling 芯片和RNA-seq, 后者因其较高的覆盖率和分辨率以及越来越低廉的成本而逐渐被更 多的研究单位采用。根据对mRNA 富集方法或rRNA 去除方法的不同, 目前RNA-seq 方法主要有 6 种, 其中 dRNA-seq 由于采用了 5′单磷酸依赖的外切酶, 可以特异性地降解加工过的转录本, 从而使初始转录本得到富 集, 已被广泛应用到原核生物转录起始位点、小的调控RNA 、启动子及操纵子等研究中。文章对dRNA-seq 的 原理、技术流程及其在原核生物转录组学研究中的应用进行了综述, 并对这一研究方法在现阶段应用的优势和 局限性进行了讨论, 也进一步对该方法在未来的发展和应用进行了展望, 期望为国内相关领域研究人员提供参考。 dRNA-seq; 转录组测序; 小RNA; 转录起始位点; 非编码RNA The principle of dRNA-seq and its applications in prokaryotic tran- scriptome analyses 1,2 3 1 1 HOU Zhi-Wei , WANG Yun , GAO Hong , HOU Sheng-Wei 1. The State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology , Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China; 2. University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China; 3. Department of Bioengineering, Henan University of Urban Construction, Pingdingshan 467036, China Abstract: The genomic and transcriptomic studies have been greatly accelerated by the next-generation sequencing technology. Currently, there are two main methods in transcriptomic studies, namely, Tiling microarray and RNA-seq. Com- paratively, because of its overwhelming superiority in transcript coverage and resolution, as well as d