自组装DNA_纳米颗粒分子逻辑计算模型.pdfVIP

2011 年 第 56 卷 第 27 期：2276 ~ 2282 《中国科学》杂志社 自然科学基金项目进展专栏 论 文 SCIENCE CHINA PRESS 自组装DNA/纳米颗粒分子逻辑计算模型 ①* ①②* ①* 张成 , 杨静 , 许进 ① 北京大学信息科学技术学院, 高可信度软件技术教育部重点实验室, 北京 100871; ② 中国科学院计算技术研究所, 北京 100190 * 联系人, E-mail: zhang_cheng@; yangjing@; jxu@ 2011-05-27 收稿, 2011-08-04 接受 国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金国际重大合作项目、国家自然科学基金面上项目 、国家高技术研究发展计划(2009AA01Z413)、教育部博士点基金(20070001020)和中国博士后科学基金(20100480128)资助 摘要 将AuNP 自组装聚合色变与DNA 计算相结合, 构建了纳米分子逻辑计算模型. 使用了 关键词 DNA 自组装、DNA/AuNP 结合和AuNP 聚合色变等关键技术方法. 利用DNA 自组装结构变化, 逻辑运算 通过DNA/AuNP 聚合色变反应, 实现了简单逻辑运算功能. 在此基础上, 构建了求解简单集合 DNA 计算 运算的DNA/AuNP 计算模型, 对多重输入的简单集合运算进行了逻辑运算. 最后, 进一步拓展 纳米颗粒 DNA 自组装 该分子逻辑运算模型的应用, 结合分子检测技术, 对H1N1 病毒基因进行检测. 近年来在计算领域的研究中, 分子计算逐渐从 合, 构建了系列基本逻辑计算模型. 利用 DNA 分子 纯粹理论走向实验实现. 特别是 DNA 计算, 由于 形成各类自组装结构, 通过多种DNA 信号传递转导, DNA 分子纳米技术发展迅速, 其已经成为分子计算 实现了简单逻辑判断功能. 在此基础上, 构建了用于 领域发展的领头羊. DNA 计算诞生伊始, 科学家就试 求解简单集合运算的 DNA/AuNP 系统, 对多重输入 图利用其解决多种困难数学问题, 如可满足性问题、图 的简单集合运算进行了逻辑判断. 最后, 进一步拓展 着色问题、最大团和最大独立集问题等[1~4]. 虽然初 该分子逻辑运算模型的应用, 结合分子检测技术, 对 生的 DNA 计算与传统电子计算无法相提并论, 但是 H1N1 病毒基因进行检测. 在该逻辑系统中, 使用了 它显示出来的海量并行计算潜力引起科学家的注意. DNA 特异性识别、DNA/AuNP 结合、AuNP 聚合色 在信息科学领域, 逻辑运算是计算和逻辑判断 变等关键技术方法. 的基本单位. 因此, 利用分子实现逻辑运算具有重要 的意义. 在分子计算中, 逻辑系统可以通过分子信号 1 相关背景介绍 传导发挥作用. 分子逻辑门可由多种物质来构成, 如 核酸、生物酶及其他小分子等[5~11]. 特别是基于DNA 1.1 基于DNA 分子的逻辑运算 分子的逻辑系统, 获得了更多的关注[12~15]. 近年来 随着纳电子技术、分子信息处理的发展, DNA 逻 在分子计算信息处理中, DNA 自组装与纳米颗粒技 辑运算成为了分子计算的研究热点. 它不仅在基因 术的交叉研究成为前沿研究热点[16~19]. 纳米颗粒,