麻黄属rbcL基因的适应性进化检测与结构模建.pdfVIP

2010 年 第 55 卷 第 14 期： 1341 ~ 1346 《中国科学》杂志社 SCIENCE CHINA PRESS 专题: 生物信息学 论 文 麻黄属rbcL 基因的适应性进化检测与结构模建 ①† ①† ① ① ② ① ③ ②①* 刘念 , 王庆彪 , 陈婕 , 朱勇 , 扎西次仁 , 胡祎瑶 , 陈凡 , 钟扬 ①复旦大学生命科学学院生物多样性与生态工程教育部重点实验室, 上海 200433; ② 西藏大学生物多样性与地生物学研究所, 拉萨 850000; ③ 中国科学院遗传与发育生物学研究所分子与发育生物学国家重点实验室, 北京 100080 † 同等贡献 * 联系人, E-mail: yangzhong@ 2009-04-30 收稿, 2009-08-21 接受 国家自然科学基金(2005DKA21403)、科技基础性工作专项基金(2007FY110100)、上海市重点学科基金(B111)、国家大学生创新性实验 计划(J0630643)和复旦大学研究生创新基金(EYH1322098)资助项目 摘要 采用PAML 程序检测麻黄属14 种及其他9 种裸子植物rbcL 基因的适应性进化. 以“分 关键词 支”模型检测到该属植物RbcL 蛋白催化活性区先后经历了3 次大范围的选择; 以“分支-位点” 麻黄属 模型检测出在该基因第365 位密码子位点存在正选择的物种; 计算机三维结构模建进一步显 裸子植物 rbcL 适应性进化 示该位点引起RbcL 蛋白βG 折叠、βH 折叠和βE 折叠的空间结构变化, 这些变化可能与麻黄 三维结构模建 属该蛋白对环境的适应有关. 在植物光合作用过程中, 1,5-二磷酸核酮糖羧化 力[4], 迫使其向升高亲和性的方向进化. Gulias 等人[5] 酶/加氧酶(Rubisco, Ribulose-l,5-bisphosphate carboxylase/ 发现西班牙巴利阿里群岛特有种的光合作用能力明 oxygenase)作为一种双功能酶, 既可吸收 CO2 羧化 显低于分布广泛的物种, 认为特有种的 CO2 利用效 1,5-二磷酸核酮糖(RuBP, Ribulose-1,5-bisphosphate) 率较低可能与地理隔离造成的自然选择有关. 分布 生成 3-磷酸甘油酸(碳固定), 又可吸收 O2 氧化分解 范围扩大使物种受到更大的选择压力, 有助于提高 [5] RuBP. 由于Rubisco 效率很低, 它催化RuBP 进行碳 Rubisco 对 CO2 的利用效率 . 此外, 大气中 CO2 和 固定的反应是光合作用的限速反应, 因而是控制光 O2 分压之比、光照强度、生态环境温度也是决定物