第八章 动物基因组学基础解析.ppt

第八章??动物基因组学基础 第一节????动物遗传标记 一 遗传标记的概念及其发展 （一）遗传标记的概念 遗传标记是指能够用以区别生物个体或群体及其特定基因型、并能稳定遗传的物质标志。 遗传标记是一些等位基因或遗传物质，能在生物体上以各种形式表现出各种变异。 遗传标记的概念经历了从宏观到微观、从外部到内部、从蛋白质到DNA的发展过程。  （二）遗传标记概念的发展 □ 形态学标记 能用肉眼观察和识别的外部性状。例如，动物的毛色、角形、耳型、体型、外貌等。此法简单直观，但标记数目少、多态性低、易受环境影响。 □ 细胞遗传标记 主要是指染色体核型（染色体的数目、大小、随体、着丝粒位置、核仁组织区等）、带型和数量的变异。此法能反映出染色体结构和数目的多态性，但由于这些变异往往带来有害的表型效应，生物难以忍受。  □ 免疫遗传标记 以动物的免疫学特征为标记，主要是红细胞抗原多态性和白细胞抗原多态性。 · 红细胞抗原多态性——血型，以细胞表面的抗原而定 · 白细胞抗原多态性——主要组织兼容性复合体（MHC），以白细胞表面的抗原而定。 □ 生化遗传标记（蛋白质多态性标记） 同一种动物中，具有相同功能的蛋白质存在两种以上的变异体，有些可以用电泳方法区分其中的差异。  □??分子遗传标记 ○分子遗传标记是以DNA多态性为基础的遗传标记，又称DNA分子标记或多态性DNA标记。 ○自20世纪70年代以来，随着分子生物学的发展，相继建立了多种分子遗传标记检测技术，例如，RFLP、VNTR、RAPD、AFLP、SNP等。 ○分子遗传标记的特点：遗传多态性高；检测方法简单快捷；遗传共显性，能分离出等位基因的三种基因型。  二、分子遗传标记 （一）限制性片段长度多态性（restiction fragment length polymorphism,RFLP） ○ RFLP RFLP是1980年建立的第一代分子遗传标记。 原理：用限制性内切酶切割不同个体的DNA时，如果存在酶切位点的变化，就会产生长度不同的DNA片段，电泳后用克隆探针检测时，就会出现泳动行为的改变。 基本过程：取得DNA样本——酶切——电泳——转移至硝酸纤维膜上——DNA探针杂交——放射自显影 图7-1 Southern杂交过程 图7-2 RFLP检测 ○ 聚合酶链式反应（polymerase chain reaction , PCR） PCR是1985年建立的一种体外快速扩增特定基因或DNA序列的方法。 原理：在反应温度为90—95℃时，DNA变性成为单链；反应温度降至45—65℃时，两种引物与两条单链DNA退火而配对结合；反应温度升至72℃左右时，在TaqDNA聚合酶作用下，引物以单链DNA为模板逐步延伸成新的单链。“ 变性——退火——延伸”这一循环完成后，DNA复制了一次，由一个DNA分子成为两个DNA分子。 图7-3 DNA扩增原理  ○ PCR—RFLP 如果已知多态性位点周围的DNA序列，则可用PCR快速而简单地进行RFLP分析。 首先根据多态位点两侧序列设计和合成引物；以基因组DNA为模板进行PCR扩增；用相应的内切酶进行消化；再进行电泳，分析PCR区带判断多态性。 图7-4 PCR—RFLP  （二）串联重复序列标记（tandem repeated sequence,TRS） ○ 真核基因组序列 单一序列 短片段重复序列（正向重复、反向重复、回文序列） 长片段重复序列（轻度重复、中度重复、高度重复） ?  高度重复序列 卫星DNA（satellite DNA） 序列中G-C含量约30%，远低于基因组中主体DNA （G-C含量约42%）。将DNA切成片段进行氯化铯密度梯度离心时，由于富含A-T浮力密度小，形成一条窄带在主体DNA外面，故称卫星DNA。 小卫星DNA（minisatellite DNA） 微卫星DNA（microsatellite DNA） 图7-6 卫星DNA ○小卫星标记 小卫星DNA是一种可变数量的串联重复（varible number of tandem repeats, VNTR），在不同个体和基因组的不同位点上数目都不同。 用内切酶把总DNA切成不同长度的片段（VNT