3种烟草基因组SSR位点信息分析和标记开发.pdfVIP

西北植物学报，2014，34(8)：1j49—15j8 Acf口Bof．BoreⅡf．一occidPnf．Sin． 1549一lO 4025．2014．08．1549 文章编号：1000一402j(2014)08 doi：10．7606／j．issn．1000 3种烟草基因组SSR位点信息分析和标记开发 童治军，肖炳光 (云南省烟草农业科学研究院，烟草行业烟草生物技术育种重点实验室，国家烟草基因工程研究中心．昆明6j0021) 摘 要：利用生物信息学方法对绒毛状烟草、林烟草和本塞姆氏烟草3份烟草野生种基因组数据中的ssR位点信 Gb、2．44Gb和2．59Gb的绒毛状烟草、林烟草和本塞姆氏烟草基 息进行了分析。结果表明，在全长分别为2．14 53 3．94kb、12．42kb和9．31 因组中分别获得1 357个、196493个和278784个SSR位点，平均相隔1 kb出现一个 型上，主要集中在二、三碱基基序且二者占总ssR位点数目的80％以上，并以二碱基基序类型丰度最高；在ssR基 序结构上，基因组中出现频率及数量最高的是含有A(T)。的基序结构；在ssR基序的重复次数上，除单碱基基序 类型外，重复次数多在3～lo次之间。利用分别属于5个不同烟草组的8份烟草材料验证所合成的300对引物，所 有合成的引物均能扩增获得目标片段，其中有80对引物存在扩增多态性。表明来源于绒毛状烟草、林烟草和本塞 姆氏烟草基因组的ssR标记在亲缘关系相对较近的烟草种间具有高度保守性和通用性，基于此3份烟草野生种基 因组数据开发sSR引物用于后续的相关遗传研究具有可行性。 关键词：绒毛状烟草；林烟草；奉塞姆氏烟草；基因组；SSR 中图分类号：Q789 文献标志码：A in ofSSRLociInformationThreeTobacco SurVey Genomesand ofSSRMarkers DeVelopment T()NG Zhij un，X1A()Bingguang+ ofTobacco Tobacc。GeneticRcsearchCenter。Yunnan (KeyI。aboratory BiotechnologicalBreedlng。Na“onal Engineering Academy ofTobacco 65002l，China) AgriculturalSciences．Kunming thewhole ofthreewild Abstract：Simplesequencerepeats(SSRs)ingenomes Nj(、ofi“，z“6P门f^(fⅢi“行“downloadedTobaccoGenomeDa— 内rm孤，Njfofin行“5vfuP—f，．i—and fromtheChina thebioinformaticstotal tabase(CTGDB)wasanalvzedhv method．Aof153357，196493and278784SSR lociwereminedouc inthe2．14Gb，2．44Gband2．59Gbofthethreewild