生物大分子进化分析.ppt

第9章 生物大分子进化 9.1 自然界的生物大分子进化 达尔文(1809～1882) 出生于英国西部一个世代为医的家庭。乘贝格尔号舰作了历时5年的环球航行，对动植物和地质结构等进行了大量的观察和采集。 19世纪中期，达尔文，在物种起源 书中提到了进化论。 物种进化的两个因素： 自然选择： 环境条件对于生物的变异进行选择而导致适者生存、不适者被淘汰的过程。 遗传信息储存在基因组中； 基因组序列在自然情况下存在随机突变概率； 突变可遗传给子代； 增加种群的基因多样性。 生物大分子进化 DNA、蛋白质等生物大分子的功能 从无到有 从简单到复杂 从低级到高级 自然界的生物大分子多样性和RNA世界假说 生物大分子的进化 基因数量庞大 RNA剪切，表达产生不同的蛋白 蛋白质剪切酶将蛋白质连接在一起； 翻译后修饰； RNA世界假说 1981年度诺贝尔化学奖获得者吉尔伯特（W. Gilbert）提出了“RNA世界”的假说。 指的是“在生命起源的某个时期，生命体仅由RNA组成。遗传信息的传递建立于RNA的复制，其复制机理与当今DNA复制机理相似，作为生物催化的、由基因编码的蛋白质还不存在”。 容易发生突变，因此在携带遗传信息的能力方面，RNA不如DNA； RNA又由于组成没有蛋白质复杂，不可能形成如蛋白质那么多样的结构，因此在功能分子的作用方面，RNA又不如蛋白质。 RNA可自我复制 RNA具有催化功能 当DNA和蛋白质功能完善后 RNA分子才被取代 乔伊斯 ，Scripps Research Institute 所长 发现了一对短小但功能强大的RNA序列，把它们和一堆结构更简单的RNA“原料”混在一起. 结果： 数量会不断倍增，几小时内就能扩增至原来的10倍，而且只要有充足的原料和空间，这种扩增过程就不会停止。 问题 RNA 又是怎么产生的？ 9.2 化学生物学中的生物大分子进化方法 自然界进化的优点： 生物多样性丰富，种群巨大； 生物本身调控系统精密； 缺点： 不能定向突变； 突变概率低； 周期长。 9.3 生物大分子进化的基本概念和思路 9.4 分子多样性的建立 分子多样性的建立是生物大分子进化的基础。 DNA 稳定性好； 易操作； 通过改变条件和模板就能得到不同序列和结构的DNA； 可以转录和翻译变成RNA和蛋白质。 DNA文库的突变方法 基因组随机突变 易错PCR 定点突变 DNA改组法 9.4.1 基因组的随机突变法 方法： 天然随机突变 物理化学诱变 化学：羟胺、溴乙锭、烷基化试剂、强氧化剂等。 物理：放射性诱变（紫外线）。 紫外线突变频率 10 ～10 天然突变频率10 ～10 关键 突变频率的选择 突变频率太高会导致绝大多数突变为有害突变，无法筛选到有益突变; 突变频率太低则会导致文库中全是野生型群体。 9.4.2 易错PCR 采用DNA聚合酶进行目的基因扩增时，通过调整反应条件，来改变扩增过程中的突变频率，从而以一定的频率向目的基因中随机引入突变，获得蛋白质分子的随机突变体。 条件 高盐和添加剂存在的条件下，聚合酶的PCR的反应错误率可达0.7%。 具体方法 如提高镁离子浓度、加入锰离子； 改变体系中四种的dNTPs浓度； 运用低保真度DNA聚合酶等。 9.4.3 定点诱变 在体外特异性地取代、插入或缺失DNA序列中任何一个特定碱基的技术。 分类：定点突变、盒式定点突变、PCR突变。 定点突变 盒式定点诱变 定点突变 文库 9.4.4 DNA改组 DNA Shuffling 是运用随机突变技术，对某种感兴趣的蛋门质或核酸进行快速的改造，并定向选择所需性质的生物分子。 原理 单个基因或一组相关基因经酶切产生一系列随机大小的DNA片段。 无引物PCR，具有互补3’末端的片段互为引物，各为模板，通过不断的PCR循环在不同模板上随机互补结合并进一步延伸。 最后利用基因两端序列为引物合成全长的重排产物，这些重排产物的集合被称为突变文库。 对突变文库进行筛选，选择改良的突变体进行下一轮shuffling循环，重复多次重排和筛选，直到最终获得性状比较理想的突变体。 进行定向进化的生物活性分子 可以是那些由于毒性太大而无法大剂量使用的蛋白质药物; 可以是基因治疗载体和基因