生物信息学基因组分析.ppt

HMM model for Gene Prediction (Genie) Kulp, D., PhD Thesis, UCSC 2003 (3) 可变剪切的预测 将EST, cDNA序列比对到基因组上 部分有向图算法 3. 比较基因组学 (1) 有功能的通常保守 (2) 例：SUMO底物的预测： a. SUMO化位点存在ψ-K-X-E模体 b. 核定位信号 (NLS) c. 人和小鼠中，SUMO化位点应当保守 d. 功能分析：Gene Ontology (3) 分析结果： a. 2,683个人-小鼠保守的SUMO化底物 b. SUMO化的功能：参与转录调控、信号转导等 Gene Ontology：基因本体论 1. 描述基因/蛋白质的功能 2. 三类术语(Term): a. Cellular component: 在哪里？ b. Biological process: 干什么？ c. Molecular function：我是谁？ Gene Ontology：基因本体论 功能显著性分析：超几何分布 转录因子 In human proteome: DNA binding (GO:0003677): 2, 255 Transcription factor activity (GO:0003700): 1, 102 regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355): 2, 174 In SUMO Substrates: DNA binding (GO:0003677): 530 Transcription factor activity (GO:0003700): 304 regulation of transcription, DNA-dependent (GO:0006355): 510 因此，可以估计1/4 ~ 1/3的转录因子受到SUMO化的调控 4. 基因/蛋白质的功能预测 (1) 一级序列的比较：相似的序列具有相似的功能 (2) 保守的功能结构域：保守的功能 (3) 三级结构的比较：相似的结构具有相似的功能 (4) 蛋白质相互作用的预测 (1) 一级序列的比较 1. 同源物的鉴定：不同物种中的直系、旁系同源物的预测 2. 主要工具：BLAST (2) 保守的功能结构域 1. 保守的功能结构域：保守的功能 2. 常用工具： 工具 网址 Interpro http://www.ebi.ac.uk/interpro/ Pfam http://pfam.sanger.ac.uk/ SMART http://smart.embl.de/ PROSITE /prosite/ ProDom http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/home.php CDD /Structure/cdd/wrpsb.cgi 例：Nek2 (3) 三级结构的比较 1. Ubiquitin: 泛素，主要负责蛋白质的降解 2. SUMO：小的类泛素蛋白质，基因转录 信号通路 3. 催化反应通路的分子机制相似 4. 序列相似性：不显著！ Ubiquitin vs. SUMO 序列相似性：~20% 结构相似性 SUMO Ubiquitin (4) 蛋白质相互作用的预测 1. 基因组信息 (Genomic information) A. Gene fusion and fission B. Conservation of gene order/bidirectional pairs C. Phylogenetic profile 2. 关联的序列特征 (Correlated sequence signatures) 3. mRNA co-expression 4. Literature mining Gene fusion/fission: Rosetta Stone A B AB Query protein Linked protein Rosetta protein Marcotte EM et al., Science 1999, 285:751-753; Enright AJ et al., Nature, 1999, 402:86-90 Genome A Genome B Conservation of gene order/ bidirectional pairs Gene order pairs Bidirectional transcribed gene pairs Dandekar T et al., TIBS, 1998, 23:324-328; Overbeek R et al., PNAS, 1999, 96: