实习基因组数据注释和功能分析.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 选择Bootstrap检验 五种系统进化树构建方法 分化程度较大的远缘序列： 最大似然法（Maximum Likelihood，ML） 邻位相连法（Neighbor-joining，NJ） 最小进化法（Minimum-Evolution，ME） 分化程度较小的近缘序列： 最大简约法（Maximum Parsimony，MP） 除权配对法（UPGMA） 进化树的可靠性分析 BootstrapMethod 从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列，构成相同长度的新的排列序列 重复上面的过程，得到多组新的序列 对这些新的序列进行建树，再观察这些树与原始树是否有差异，以此评价建树的可靠性 至少进行100次重复取样 原始数据多 序列比对结果 对序列中每个 位置重复抽样， 基于原比对结果 生成多个样本 Original tree Bootstrap consensus tree 节点上的值为通过 Bootstrap检验次数的百分数 不同树型选择 Tree:树型选择 Branch:分支信息修改 Label:分支名称修改 Scale:标尺设定 Cutoff:阈值设置 软件 网址 说明 ClustalX http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ 图形化的多序列比对工具 ClustalW http://www.cf.ac.uk/biosi/research/biosoft/Downloads/clustalw.html 命令行格式的多序列比对工具 GeneDoc /biomed/genedoc/ 多序列比对结果的美化工具 BioEdit /BioEdit/bioedit.html 序列分析的综合工具 MEGA / 图形化、集成的进化分析工具，不包括ML PAUP / 商业软件，集成的进化分析工具 PHYLIP /phylip.html 免费的、集成的进化分析工具 PHYML http://atgc.lirmm.fr/phyml/ 最快的ML建树工具 PAML http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html ML建树工具 Tree-puzzle http://www.tree-puzzle.de/ 较快的ML建树工具 MrBayes / 基于贝叶斯方法的建树工具 MAC5 /software/mac5/ 基于贝叶斯方法的建树工具 TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html 进化树显示工具 上机练习4：MEGA5 谢谢！ * * * * * * * * * * * * * PSI-BLAST 可以幫使用者比對相同蛋白質家族的氨基酸序列 PHI-BLAST 可以就特定的氨基酸部分進行比對； * PAM模型可用于寻找蛋白质的进化起源，而BLOSUM模型则用于发现蛋白质的保守域。 * Pam 1 表示有1%的氨基酸形成突变 Blosum62 表示比对结果中至少有62%的氨基酸相同 * * * * * * * * 输入“blastall -p blastx -i in -d db -o out -e 2e-5 -m 9” -〉回车 运行blastx程序 产生的结果文件“out” 用记事本查看结果文件 不使用-m参数或者-m参数为0时 显示序列两两比对结果 多序列比对的目的 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。 多序列比对的应用： 系统发育分析(phylogenetic analysis) 结构预测(structure prediction) 序列基序鉴定(sequence motif identification) 功能预测(function prediction) ClustalW/ClustalX：一种全局的多序列比对程序，可以用来绘制亲缘树，分析进化关系。 MEGA5——分子进化遗传分析软件 ClustalW/X的运行 本地运行 命令行操作的Clustal W（linux windows) 窗口化操作的ClustalX（windows） 下载页面：ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/ 欧洲生物学中心（EBI）还提供了Clustal W的网上运行服务: http://www.ebi.ac.uk/Tools/