四走进NCBI分析.ppt

走进NCBI 于浩 NCBI的形成过程 NCBI的站点介绍 认识数据库与数据格式 参议员Claude Pepper意识到信息计算机化过程方法对指导生物医学研究的重要性，发起了在1988年11月4日建立国立生物技术信息中心（NCBI）的立法。NCBI是在NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。NLM是因为它在创立和维护生物信息学数据库方面的经验被选择的，而且这可以建立一个内部的关于计算分子生物学的研究计划。 建立关于分子生物学，生物化学，和遗传学知识的存储和分析的自动系统. 实行关于用于分析生物学重要分子和复合物的结构和功能的基于计算机的信息处理的，先进方法的研究. 加速生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 全世界范围内的生物技术信息收集的合作努力。 本节课总结 NCBI网站格局分为数据库、工具、序列提交与服务指南四个部分 文献数据库 分子数据库 基因组数据库 Entrze Blast Bankit Sequin 最重要，几乎是全部 NCBI在生物信息学学习中的地位 NCBI 检索文献 检索序列 比对序列 PubMed GenBank GenBank Entrze Entrze Blast 857亿个碱基，8285万条序列 1060亿个碱基，1亿条序列 美国加州索尔克生物学研究中心研究小组成员安德鲁-迪林教授表示，一种名为pha-4的基因的活动与长寿密切相关，这种基因此前被认为在线形虫的胚胎发育过程中有重要作用。在实验中，研究人员向线形虫体内注入更多的pha-4基因，发现其寿命被延长。???? 长寿基因 PHA-4 研究人员表示，人体内也有3种基因与pha-4基因十分相似，这3种基因与一种名为胰增血糖素的激素制造与调节过程密切相关。当食物缺乏时，这些基因将调节胰增血糖素的水平，最终影响到衰老过程。研究人员表示，将对这3种基因进行研究，观察其是否与线形虫体内基因的作用机制相似。 LOCUS 基因座 locus name The LOCUS field contains a number of different data elements, including locus name, sequence length, molecule type, GenBank division, and modification date. Each element is described below sequence length molecule type division Modification Date plant, fungal, and algal sequences 植物、真菌、藻类序列 序列名字 序列长度 分子类型 物种分类 修改日期 DEFINITION 定义 Brief description of sequence; includes information such as source organism, gene name/protein name, or some description of the sequences function (if the sequence is non-coding). If the sequence has a coding region (CDS), description may be followed by a completeness qualifier, such as complete cds. 简短描述 序列的结构特点 ACCESSION The unique identifier for a sequence record. An accession number applies to the complete record and is usually a combination of a letter(s) and numbers, such as a single letter followed by five digits (e.g., U12345) or two letters followed by six digits (e.g., AF123456). Some accessions might be longer, depending on the type of sequence record. A nucleotide sequence identification number that represents a single, specific sequence in the GenBank database. This identification number uses the