多发性硬化症全因组关联数据的深入分析和利用.pdfVIP

2 3 4 多发性硬化症全基因组关联数据的深入分析和利用 中文摘要 多发性硬化症全基因组关联数据的深入分析和利用 中文摘要 多发性硬化症（MS ）是一种中枢神经系统的炎性脱髓鞘疾病，严重危害公众健 康。作为一种典型的复杂疾病，MS 由遗传和环境共同调控，但遗传仍是MS 的主要 决定因素，其遗传度高达50% 。。研究显示目前全基因组关联（GWA ）数据中的常见 变异可以解释30%的M S 易感性（约80%的遗传度），即GWA 数据中蕴含了绝大多 数MS 易感基因的遗传信息。然而，已发现的遗传变异数量有限，致病风险效应小， 能解释遗传度的比例小，并且致病机理和生物功能未知，严重限制了MS 分子遗传机 制的进一步研究。针对GWA 研究目前的现状和问题，本论文在现有GWA 数据和研 究结果基础上，深度发掘现有数据中的遗传信息，进一步开展MS 遗传定位和致病机 制研究。具体内容包括两部分：1）应用以基因为单元的高效关联统计方法深入分析 现有 GWA 数据集，定位新的MS 易感基因，发现缺失遗传度中的遗传因子；2 ）集 成 mRNA 、蛋白质等水平下的多个功能注释数据库信息，定位功能关联并探讨其作 用机制，为进一步功能实验奠定基础。 研究目的 本研究旨在定位新的MS 易感基因（第一部分）和功能关联并探讨其作用机制（第 二部分）。 研究方法 研究方法分为两个部分。第一部分，应用公开免费的数据库中基于单核苷酸多态 性（SNPs ）的GWA 研究结果，在931 个家系的发现研究样本，978 个病例与883 个 对照的重复样本中进行以基因为单元的GWA 研究（Gene-based GWAS ），并对发现的 易感基因进行差异表达、蛋白-蛋白交互作用以及基因功能注释聚类分析；第二部分 首先下载表型基因型数据库（PheGenI ）中MS 的关联结果，对其进行表达数量性状 位点（eQTLs ）分析寻找具有eQTLs 效应的SNPs 及其靶向基因。然后对eQTLs SNPs 进行功能预测，对eQTLs 靶向基因进行表达差异和功能注释聚类分析。 研究结果 –4 第一部分Gene-based GWAS 鉴定出20 个新的MS 易感基因 （P1.40×10 ），其 I 5 中文摘要 多发性硬化症全基因组关联数据的深入分析和利用 中16 个新易感基因被重复验证和/或者差异表达分析支持。整合分析强烈支持五个基 因MOG 、CCHCR1、HLA-DMA 、HCG22 和BRD2 与MS 的关联性； 第二部分eQTL 分析发现45 个SNPs 顺式作用于 19 个MS 相关的基因。其中， 15 个eQTL SNPs 很有可能位于转录因子结合区，14 个eQTL 靶向基因在MS 病例和 对照的相关细胞系中有显著性差异表达。结合基因和SNPs 功能预测结果发现，6 个 SNPs (rs3095329, rs9469220/rs2647046, r rs1062158 和rs7194) 可能通过转 录因子（TF ）介导的转录调控来影响各自的 eQTL 靶向基因表达水平，即 TUBB、 HLA-DQB1 、AHI1 、NDFIP1 和HLA-DRA 的mRNA 表达水平，而rs7194 可能同时 通过has-miR-6507-3p 引起转录后调控，与TF 共同影