表皮葡萄球菌RP62A和ATCC12228差异蛋白的进化速率分析.pdfVIP

2010 年 第55 卷 第34 期：3297 ~ 3301 《中国科学》杂志社 论 文 SCIENCE CHINA PRESS 表皮葡萄球菌RP62A 和ATCC12228 差异蛋白的 进化速率分析 ① ① ①②* 常啸 , 曹兴军 , 李园园 ① 中国科学院上海生命科学院系统生物学重点实验室, 上海 200031; ② 上海生物信息技术中心, 上海 200235 * 联系人, E-mail: yyli @ 2010-03-09 收稿, 2010-09-16 接受 摘要 表皮葡萄球菌作为一种主要的医院感染病原体越来越受到关注. 其致病的主要因素在于 关键词 致病株进化出了能在医疗器械表面生成生物膜的机制. 为了研究表皮葡萄球菌的致病性, 本文比 进化速率 较了致病株和非致病株之间蛋白质组表达的差异性, 揭示了与生物膜形成相关的基因表现出差 变异速率 异表达的趋势. 结合同源蛋白对进化速率的分析结果显示, 表皮葡萄球菌的蛋白表达丰度和进化 原生肽 速率呈负相关的趋势. 同源蛋白对进化速率的分析结果还显示, 表皮葡萄球菌蛋白质组中一部分 蛋白受到了较强的负选择压力, 是微生物体中保守的部分; 还有一部分受到的选择压力较小, 对 生物体应对外界环境做出遗传改变从而产生相应的表型有很大帮助. 表皮葡萄球菌被公认为一种潜在的病原体, 因 相关的直接信息. 其可以通过如血管导管、人工关节、人工心脏瓣膜之 在定量蛋白质质谱分析中, 只有一小部分蛋白 [1~3] 的胰蛋白酶肽段可以恒定地在蛋白质组实验中检测 类的可植入性医疗器械引发医疗感染 . 表皮葡萄 [10] 球菌的基本致病性是通过在医疗器械的表面形成一 到, 这些肽段被称为原生肽 . 通过预测原生肽检 层生物膜, 从而增强细菌对抗生素和宿主防御体系 测到的蛋白质的丰度可以在菌株内进行比较, 同样 [4,5] 差异表达的蛋白质也可以在菌株间进行比较. 通过 的抵抗能力 . 然而, 并不是所有的表皮葡萄球菌 都可以形成生物膜, 自然环境中生存的表皮葡萄球 菌株内的比较, 我们发现检测到的蛋白质的丰度和 菌菌株在感染能力和生物膜的生成方面都有很大的 它们的进化速率表现出负相关的趋势. 通过菌株间 差异. 目前为止已有2 株表皮葡萄球菌的完整的基因 的比较发现功能涉及生物膜的形成的基因在菌株间 组公布. 不形成生物膜的非致病性菌株 ATCC12228 是差异表达的. 的全基因组序列于 2003 年发布, 形成生物膜的致病 [6,7] 1 材料与方法 性菌株RP62A 于2005 年发布 . 比较基因组学分析 表明, 这2 株表皮葡萄球菌在基因组序列上有很大的 ( ⅰ) 样本制备. 表皮葡萄球菌菌株 ATCC12228 [6,8] 相似性, 并且都具有绝大多数的潜在致病因子 . 和RP62A 在37 ℃下的色氨酸大豆培养液(TSB, Difco) 研究表明, 一些调控因子, 如双组份系统调控因子对