大豆GmUGD基因家族生物信息学分析.pdfVIP

第46卷第9期 东 北 农 业 大 学 学 报 46(9】：23-29 2015年9月 JournalofNortheastAgriculturalUniversity September2015 网络出版时间2015—9—2310：43：33 U【RL]http：／w／ww．cnki．net／kcms／detail／23．1391．S1043．028．html 大豆GmUGD基因家族生物信息学分析 朱延明，朱 毅，端木慧子，肖佳雷，于 洋，刘艾林 (东北农业大学农业生物功能基因重点实验室，哈尔滨 150030) 摘 要：尿苷二磷酸葡萄糖脱氢酶(UGD)是多糖合成中的一个关键酶，广泛参与植物生长发育与非生物胁迫 响应过程。采用生物信息学方法，在全基因组水平预测出10个大豆GmUGD基因；序列分析结果显示，GmUGD基 因均具有UDP一葡萄糖，GDP一甘露糖脱氢酶家族的3个典型结构域；基 因复制分析表明，80％GmUGD基因存在复制 事件；系统发生分析结果显示，GmUGD基因分为三类，分类结果与基 因复制分析结果基本吻合；基于UniGene数 据库与GEO数据库的表达模式分析显示，根 中GmUGD基因的ESTs最多，上胚轴中最少；另外，GmUGD基因能够 响应盐碱胁迫诱导，在大豆根和叶中表达模式不同。结果可为进一步研究大豆GmUGD基因功能提供理论依据。 关键词：GmUGD基因；大豆；生物信息学；序列分析；表达分析 中图分类号：Q945．78；$565．1 文献标志码：A 文章编号：1005—9369(2015)09—0023-07 朱延明，朱毅，端木慧子，等．大豆GmUGD基因家族生物信息学分析J【】_东北农业大学学报，2015，46(9)：23-29． ZhuYanming，ZhuYi，DuanmuHuizi，eta1．BioinformaticsanalysisofGmUGDgenefamilyinsoybeangenome[J]．Journal ofNoRheastAgriculturalUniversity,2015，46(9)：23-29．(inChinesewithEnglishabstract) BioinformaticsanalysisofGmUGD genefamily insoybeangenome／ ZHUY_anming，ZHUYi，DUANMUHuizi，XIAOJialei，YUYang，LIUAilin(KeyLaboratoryofAgricultural BiologicalFunctionalGenes，NortheastAgriculturalUniversity,Harbin150030，China) Abstract：UDP—glucose6-dehydrogenase(UGD)isthekeyenzymeofpolysaccharidebiosynthesis， whichplaysimpo~antrolesinthedevelopmentandresponsetoabioticstressesofplant．A genome-wide analysiswasconducedusingbioinformaticsandtenGmUGDgenesofsoybeanwereidentified．Sequence analysis showed thatallthe GmUGD genes had three consewed domainswhich were typicaIin UDP—glucose／GDP-mannosedehydrogenasefamily．Geneduplicationanalysisindicated eightypercentof GmUGD geneswere duplicated．PhylogeneticanalysisshowedthalGmUGD geneswere c