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完整基因组的比较研究 科学家们发现：全部基因可以按照功能和系统发生分为若干类，其中包括与复制、转录、翻译、分子伴娘、能量产生、离子转运、各种代谢相关的基因。当我们比较鼠和人的基因组就会发现，尽管两者基因组大小和基因数目类似，但基因组的组织却差别很大。例如存在于鼠1号染色体上的基因已分布到人的1、2、5、6、8、13、18号7个染色体上了。研究表明在同一界中，某些核糖体蛋白排列顺序的差异能反映出物种间的亲缘关系，亲缘关系越近，基因排列顺序越接近。这样就可以通过比较基因的排列顺序来研究物种间的系统发育关系。 生物信息学的研究内容 从功能基因组到系统生物学 在不同的组织中表达基因的数目差别是很大的，脑中基因表达的数目最多，约有3－4万个转录子，有的组织中只有几十或几百个基因表达。同一组织在不同的个体生长发育阶段，表达基因的种类、数量也是不同的，有些基因是在幼年时期表达的，有些是中年阶段表达的，有些要到老年时期才表达。我们不仅需要了解基因的序列，还要了解基因的功能，也就是要了解在不同的时间、不同的组织中基因的表达谱。这就是通常所说的功能基因组研究。 为了得到基因的表达谱，国际上在核酸和蛋白质两个层次上都发展了新技术。这就是在核酸层次上的基因芯片（或称 D NA芯片）技术和在蛋白质层次上的大规模蛋白质分离和序列鉴定技术，也称蛋白质组技术。由于芯片上样品点的密度很大，可以达到每片几十万，因此表达谱数据挖掘和知识发现就成了该研究成功与否的关键。无论是生物芯片还是蛋白质组技术的发展，都更强烈地依赖于生物信息学的理论、技术与数据库。下一步，功能基因组研究将朝着复杂系统的方向发展，即：探讨生物系统中各部分、各层次的相互作用，从而进入系统生物学的领域。 生物信息学的研究内容 蛋白质结构模拟与药物设计 蛋白的空间结构模拟和药物设计已有二三十年的历史。随着人类基因组研究的飞速发展，这一领域面临着新的态势，即：在找到人类3—4万个基因的碱基序列并确定它们表达产物的氨基酸顺序后，如何预测这些蛋白的空间结构，进而实现针对性的药物设计。 （蛋白质的功能和它们的空间结构密切相关 ） 生物信息学的研究内容 生物信息学的应用： 基因组分析— 基因芯片— 药物开发— 其他— 生物信息学的应用 基因组（测序组装）： 基因组研究的首要目标是获得人的整套遗传密码。人的遗传密码有３２亿个碱基，而现在的ＤＮＡ测序仪每个反应只能读取几百到上千个碱基。这样，要得到人的全部遗传密码，首先要把人的基因组打碎，测完一个个小段的序列后再把它们重新拼接起来。而基因组大规模测序的每一个环节，都同信息分析紧密相关，每一步都紧密依赖于生物信息学的软件和数据库。 基因组分析 将已知的序列与功能联系在一起、从基于常规克隆的基因分类转向基于序列及功能的分析的基因分类、 从单个基因致病机制的研究转向多个基因致病机制的研究、从组织与组织之间的比较来研究功能基因组和蛋白质组、 从基因组和蛋白质组的结构与功能关系来预测三级结构和功能，并从三级结构和功能反推可能的序列、通过比较不同生物物种的基因组来进行分子进化研究。 生物信息学的应用 生物信息学的应用 蛋白质组： 基因组对生命体的整体控制必须通过它所表达的全部蛋白质来执行。由于基因芯片技术只能反映从基因组到ＲＮＡ的转录水平上的表达情况，而从ＲＮＡ到蛋白质还有许多中间环节的影响，这样，仅凭基因芯片技术人们还不能最终掌握生物功能的具体执行者——蛋白质的整体表达状况。因此，近年在发展基因芯片的同时，人们还发展了一套研究基因组所有蛋白质产物表达情况的技术——蛋白质组研究技术，包括二维凝胶电泳技术和质谱测序技术。然而，最重要的是如何运用生物信息学的方法去分析获得的海量数据，从中还原出生命运转和调控的整体系统的分子机制。 生物信息学的应用： 1.基因组分析 人类基因组计划(HGP)： 人类基因组计划（Human Genome Project,简称HGP）是美国科学家在1985年率先提出的，其目的在于阐明人类基因组DNA3×109核苷酸序列，破译人类全部遗传信息，HGP于1990年正式启动。随着HGP产生的数据爆炸，一门新兴学科----生物信息学应运而生。生物信息学是以计算机为主要工具，开发各种软件，对日益增长的DNA和蛋白质的序列和结构等相关信息进行收集、储存、发行、提取、加工、分析和研究，同时建立理论模型，指导实验研究，它由数据库、计算机网络和应用软件三大部分构成，在基因组计划中发挥不可替代的作用。 生物信息学的应用： 1.基因组分析 人类基因组计划(HGP)： HGP目的之一，就是找到人类基因组中的所有基因。除功能克隆和定位克隆策略之外，生物信息学为分子生物学家提供了一条寻找和研究新基因的新思路，即从高度自动化的实验出发，经过数据的获取与处理、序列片