7比较基因组学解析.ppt

模式生物 model organism 生物的一个物种species，在研究生命现象的过程中长期、反复地被作为研究材料； 其许多生命活动规律往往代表了许多物种共同的规律； 对其形态、解剖、生理、生化、细胞及遗传进行全面分析和归纳； 将对其研究中得出的规律，推演到相关的生物物种中，以加快其他各种生物研究的步伐。 模式生物具备的基本条件 容易培养，成本低廉，随时获取以供实验研究，繁殖周期短； 能在短时间内产生大量的后代，满足研究分析的需求； 十分方便地取得种内的遗传变异体； 已经过长期研究取得该物种的丰富背景信息。 * 模式生物基因组研究特点 1 “压缩”的基因组：基因组通常比较小，编码基因比例较高，重复序列和非编码序列较少； 2 模式生物基因组中G+ C%含量高，同时CpG岛的比例也比较高； 3 在模式生物特别在人的基因组中发现了重复 duplication； * 模式生物比较基因组研究特点 4 在各种不同的物种中大多数的重要生物学功能是由相当数量的同源序列基因( Orthologous) 蛋白承担； 5 同线( synteny) 连锁的同源基因在不同物种基因组中有相同连锁关系； 6 生物体的复杂性一般表现在“生物学”的复杂性,与基因组的C 值大小及基因数量未必一定呈线性关系--C值悖论。 * 原核模式生物比较基因组学 尿殖道支原体--已知最小的基因组0.58Mb ，由此确定能自我复制的细胞必需的一套最少的核心基因； 流感嗜血杆菌的基因组为1.83Mb； ？基因组大小影响了基因数目还是基因尺度。 * 原核模式生物比较基因组学 基因大小：流感嗜血杆菌基因平均900bp，尿殖道支原体的基因为1040bp，差不多； 基因密度：流感嗜血杆菌中平均1042bp 有1个基因，尿殖道支原体中平均1235bp 有1个基因； 基因数量的差异：流感嗜血杆菌基因组有1743个ORF，而尿殖道支原体只有470个ORF。 * 原核模式生物比较基因组学 比较尿殖道支原体与流感嗜血杆菌这两个亲缘关系较远的生物基因组； 选取其共同的基因（共240个）； 再加上一些其他基因； 组成一套含256个基因的最小基因组。 * 酿酒酵母基因组 —最简单的真核生物 基因组：12,068 kb，比单细胞的原核生物和古细菌大一个数量级； 基因数： ORF 5887，比原核生物和古细菌要多很多； 基因密度：1个基因/2kb，密度小于流感嗜血杆菌和尿殖道支原体。 酿酒酵母--最小的真核基因组 裂殖酵母其次：密度是1/2.3kb，13.8Mb 线虫：简单多细胞生物，基因密度为1/30kb。 内含子：酿酒酵母4%的编码基因有内含子，裂殖酵母有40%编码基因有内含子。 * 酵母良好的实验系统 单细胞，可在特定的培养基上生长，能够完全控制其化学和物理环境。 酵母的生命周期也很适合被用来作遗传分析，可以构建一套16 条染色体单倍型的详尽的图谱。 可将其6000 个基因中的任何一个用突变的等位基因替代或准确地从基因组中缺失。 线虫 简单多细胞生物 减数分裂 细胞核外形 细胞分裂 胚胎形态的发育 * 果蝇基因组 果蝇基因组全长120mb，2/3是 euchromatin，1/3是heterochromatin；Blast Search确定有14113个转录产物（功能基因）。?? Science, 287:2185-2195 (2000) * 人类基因组的一个片段 * * 人类染色体组型 姬母萨染色的G带模式图 * * 人类基因组基因的三条推测依据 根据已测定大片段DNA中ORF的比例； CpG island的个数（56%的已知基因5’都与CpG相连，而人基因组中有45000个Islands） ESTs * 　模式生物基因组研究对人类基因组研究的促进作用 1 利用基因序列上的同源性克隆人类疾病基因 人类cDNA 与已知功能的模式生物基因高度相关，该表型的候选基因定位于与cDNA 相同的位置上，就有助于识别该基因。 人类基因组与酵母30%基因对应，小鼠99%对应 * 模式生物基因组研究对人类基因组研究的促进作用 2 模式生物基因组研究揭示了人类疾病基因的功能 某些模式生物基因的功能已知, 对人类疾病基因的功能研究有很大的促进作用。 跨种关系使模式生物基因的有效功能数据立刻用于研究它的高等生物的同源体。 * 模式生物基因组研究对人类基因组研究的促进作用 3 充分利用模式生物实验系统上的优越性 模式生物实验上的优越性成为人类疾病状态下分子机制的阐明和基因功能分析的有效手段。 酵母一个很好的实验系统。 与定位克隆的人类疾病