螺旋组装体的电镜三维重构-feisun.pdfVIP

生物物理学报 2013 年12 月 第29 卷 第12 期: 879-898 ACTA BIOPHYSICA SINICA Vol.29 No.12 Dec. 2013: 879-898 综述/ Mini Review 螺旋组装体的电镜三维重构 艳， 孙 飞 国科学院生物物理研究所，生物大分子国家重点实验室，北京100101 收稿日期：2013-11-29 ；接受日期：2013-12-05 基金项目：国家自然科学基金青年基金项目，“973”计划项目(201 1CB910301)，青年“973 ”计 划项目(20 14CB910700) ： ： 通讯作者 孙飞，电话：(010传真 (010E-mail ：feisun@ 摘要：低温电镜三维重构技术近年来得到飞速发展 其在分析生物大分子复合物的结构和功能 中起着重要作用遥 低温电镜三维重构技术主要包括电子断层三维重构技术尧 电子晶体学及单颗 粒三维重构技术遥 由于无需结晶 且所能达到的分辨率较高 目前 单颗粒三维重构技术已经 成为电镜三维重构领域的主流技术遥 在用单颗粒三维重构技术进行结构解析时 有一类特殊的 研究对象 即螺旋组装体 如烟草花叶病 渊tobacco mosaic virus TMV冤尧 微管和微丝 渊microfilament 冤尧 艾滋病病 1 型 渊HIV-1冤 衣壳蛋白等 对这类螺旋组装体的结构进行三维重 构不是很容易 涉及诸多物理和数学的概念遥 本文重点介绍螺旋组装体的基本重构原理 包括 螺旋组装体的数学描述尧 衍射指数的推导和物理意义尧 螺旋点阵和真实螺旋组装体Fourier 变换 间的关系 以及螺旋对称参数的测定和计算等遥 在此基础上 文章综述了螺旋组装体的三维重 构算法 主要包括频率空间的Fourier-Bessel 重构方法和实空间的迭代单颗粒重构方法遥 最后 文章以与细胞极性发生相关的蛋白Par-3 的N 端结构域Par-3 NTD 为实例 详细介绍了Par-3 NTD 螺旋组装体的实空间迭代单颗粒重构方法遥 关键词：螺旋组装体曰 温电镜曰 三维重构曰 Fourier-Bessel 变换曰 实空间迭代的螺旋三维重构 算法 中图分类号：Q71 DOI：10.3724/SP.J.1260.2013.30159 引 言 螺旋在日常生活中很常见，比如弹簧、盘旋楼梯等都具有螺旋结构。这种螺旋结构体 在生物体中一样普遍存在，且在行使生命活动的过程 具有重要作用。沃森和克里克1953 年发现的DNA 双螺旋结构及蛋白 广泛存在的基本结构组成部分 螺旋，都是螺旋结 [1 4] [5 7] [8 10] 构在生命体中的典型代表。组成细胞骨架的纤丝是由微管 、肌动蛋白 、肌凝蛋白 类似的，组成细胞外纤维的鞭毛[11] [12,13] 等球状蛋白按照螺旋点阵组装的。 和菌毛 ，以及细胞 [14] 。有些病毒，比如 外基 的胶原蛋白 等，也是由组成蛋白以螺旋结构的形式组装而成的 [15,16] 艾滋病病毒 1 型衣壳蛋白也可以组装成螺旋结构 。这些例子表明了螺旋组装体的一个重 要的共同性 ：由单个的基本构造单元组装成一个可延长的、纤维状的结构。这种纤维结 [17,18] 构的性质则由螺旋体的空间几何性 及相邻基本构造单元间的相互作用关系来确定 。 879 综述/ Mini Review 生物物理学报 2013 年