2014年宁夏医科大学生物信息作业解读.doc

生物信息学作业 完成三大核酸网站（NCBI 、DDBJ 、EMBL）主要功能介绍。 1、NCBI 国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, 简称NCBI)NCBI保管GenBank的基因测序数据和Medline的生物医学研究论文索引。NCBI的主要：(1)提供生物医学的分析与计算工具，协助研究人员了解生物的DNA信息(2)发展新技术协助了解调控健康与疾病的基本分子与遗传过程，?包括建立储存与分析分子生物、生化与遗传学知识的自动系统；促进研究与医学社群使用数据库与软件；协调生物技术信息的传递与?管理；执行以计算机为基础的进阶信息分析过程，用以分析生物重要?分子的结构与功能。 PubMed一提供生物医学类期刊之文献检索，可查询的内容包含引文、摘要、索引关键词等。PubMed包含MEDLINE与PREMEDLINE资料库的完整内容OMIM（Online?Mendelian?Inheritance?in?Man）一人类基因与遗传疾病的整理目录，目录并且联结到参考文献、序列数据、染色体图谱及相关数据库 分子数据库 包括GenBank、RefSeq、Third?Party?Annotation（TPA）database、dbEST、dbEST等数据库可以对核酸序列进行查询；CDD、PROW数据库对蛋白质序列进行查询；MMDB、VAST、CDD数据库对结构信息的查询。 分类数据库 NCBI?Taxonomy?Database一生物分类数据库，含超过13万种的生物与分类数据（包含现存或是化石生物）与分类血缘。 基因信息数据库 包括LocusLink、COGs、Genome等数据库提供生物完整的基因体图谱、序列数据与批注数据，可利用基因符号或染色体位置做基因图谱查询。GEO（Gene?Expression?Omnibus）生物或人为的基因表现资料库，涵盖多种平台的基因表现数据。 2、DDBJ 日本DNA数据库DDBJ(DNA Data Bank of Japan)，于1984年建立，是世界三大DNA 数据库之一，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列，数据库通过WWW环球网，匿名FTP，e-mail或Gopher方式为广大研究人员服务用来搜索基因或蛋白质中短的碱基或氨基酸序列区域，并建立TPA一种基于已有数据库中的核酸序列产生的注释数据，它的格式与传统的GenBank一样，只是包含了“TPA”标签。CON(struct)或CON(tig)用于存储一些片段的拼接信息，这些片段是序列长度大于350 000 bp的核酸被分割而产生的 3、EMBL 欧洲分子生物学实验室EMBL（The European Molecular Biology Laboratory）EMBL提供如下的序列相似搜索工具：Blitz、Fasta、BLAST, 他允许外部的用户把他们的序列与EMBL 核苷序列数据库和SWISS-PROT中最新的数据进行对比分析。直接提交系统EBI提供了提交系统，它包括便捷的提供和检查生物信息Webin：是EMBL基于网络系统用于提交核苷序列给核酸数据库的工具。Sequin用来提交和更新进入GENBANK 、EMBL或者DDBJ数据库的核苷序列序列对比提交更新当前数据库登录专利数据基因组数据生物学注释和数据校对 基因组项目在大部分情况下提交的序列仅仅通过基因预测程序对序列做了初步的基因注释数据校对涉及新登录的海量的新提交序列的自动化检查是必须的。登录工具便于检查和提供附加分类信息以及确保编码区被正确描述的功能。 基因组概况 已完成基因组测序的数据加入到数据库中，这些信息包括古生菌，细胞和真核生物可直接获取已经完成测序的基因组序列数据分布、搜索和序列分析 数据进入到EMBL核酸序列数据库中大部分是由网络服务器SRS完成的，同时辅以电子邮件方式。SRS系统允许使用包括序列注解，关键字和作者名在内的若干领域进行搜索，并在所有的可用数据库间进行复杂检索和连接EMBL核酸序列数据库能从整体上或通过单个分类单元进行检索Map Viewer里，查询目的基因IL6（白细胞介素6）： 点击GO以后出现下面页面： 在右下角的Quick?Filter选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter.?出现下图： 点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的Genes?seq，出现新的页面，页面下方为： 点击上图出现的“Download/View?Sequence/Evidence