医学信息学论文当代临床医生面临的挑战与自我审视--解决方案.pptVIP

总体目标 加强县级医院血液净化治疗规范，提高尿毒症治疗质量 规范化管理、程序化操作、标准化治疗：保证医疗安全 建立县级医院血液净化标准培训、资质认证和考核体系 在县级医院建立防控网络，加强ESRD综合防治体系建设 强化县级医院在基层慢性肾脏疾病防治工作中重要作用 * Maes BD et al 为使MMF治疗患者最大化，采用2：1随机入组；血肌酐年下降率处于中度IgAN，重度稍轻；MPA predose level * * * Please note. Association does not mean causality. GWAS shows marker, not causal sequence change It is just a screening to find a real one. * To explain missing heritability, We need to identify more common variants by GWA meta-analysis, less common variants, structural variants, and others such as GXG, GXE, epigenetic modifications. * * * * * The QQ and Manhattan plots结果 Study 2: 12,095 Samples, λ GC = 1.089 (3,112,036 SNPs); λ GC = 1.081 (3,082,471 SNPs, removed 5 IgAN loci) 验证已经完成，发现5个新位点（论文正在准备中） 中国人群IgAN 外显子芯片研究 IgAN病人外显子研究方案 IgA肾病: 2, 000例 正常对照: 2,000例 提取基因组DNA Illumina’s Human exome 芯片进行SNP检测 生物信息学分析找到差异SNP 选出前200位差异SNP在大样本患者群中进行验证 筛选IgAN 特异的易感基因 临床表型 病理类型 临床结局 治疗反应 研究样本信息 *AS diabetes individuals were not included in the controls. Study N Missing(0.01)Heterozygosity IBD (MZ only) IBD in 8 Exomes (MZ only) PCA 1KG Case Control IgAN 3954 -129 -33 -1 -3 2378 1410 AS_controls 553 -8 -4 0 -3 538 NPC_case+controls 2975 -15 -1 -1 0 2958 ES_cases 2256 -25 -46 0 -4 2181 SICC_controls 2576 -70 -5 -4 -21 2476 IMHSC_case+controls 3539 -35 -15 -3 -27 3459 PD_case+controls 1364 -8 -22 -1 -15 1318 POAG_case+control 1327 -20 -5 0 0 1302 Total 18544 -310 -131 -10 -73 2378 15642 Analysis : 18020 Samples (2378 Cases, 15642 Controls) 相关基因分析 – GEMMA 样本情况: 18,020 份 (其中，病人 2,378例； 对照：15,642 例) λgc =1.018 for 72311 SNPs; λgc =0.978 for 69322 SNPs (woMHC) λgc = 1.018 λgc(woMHC) = 0.978 肾脏疾病相关位点分析初步结果 纳入133个与肾病, HBV, HCV及SLE 相关位点 相关区域内10个 SNPs 达到了显著性标准 狼疮性肾炎全外显子组测序 技术路线及研究思路 狼疮肾炎患者 200 例 正常对照 200 例 提取基因组DNA NimbleGen 2.1M芯片进行外显子捕获 Illumina HiSeq2000对捕获片段进行测序 生物信息学分析，找出差异的SNP位点 筛选差异最显著的161个SNP位点，在大样本患者群中进行验证 发现狼疮性肾炎特异的致病/易感基因 临床表现 病理类型 临床结局 治疗反应 Most novel SNPs are of low frequency(whole target region) Most novel SNPs are of low frequency More non-syn