生物信息学上机实验2013--更新.ppt

* * * * * 待举例！ * This option allows users setting how many times you want to restart the process mentioned. If you select 10, the program will try ten different orders of species in constructing the trees, and the results printed out will reflect this entire search process (that is, the best trees found among all 10 runs will be printed out, not the best trees from each individual run). * outfile是一个记录文件，记录了分析的过程和结果，可以直接用文本编辑器（如写字板）打开。 outtree是分析结果的树文件，可以用phylip提供的绘树程序打开查看，也可以用其他的程序来打开，如treeview等。 Phylip软件包的应用 由于默认输出的名字是一样的，为了防止被覆盖，要把默认的输出名字改一下 Windows 版本的phylip软件包 现有8段protein序列： P1 MPRFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLE P2 MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSDLQIQCQLE P3 WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKIGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE P4 MPCFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLE P5 MPRFEANLSMEFTAVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLE P6 MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE P7 MPRFEANLSMEFTEVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLE P8 WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE 示例：Phylip软件包构建进化树 新建文本文件 testSeq.fasta 复制以下序列，注意最后是fasta格式  第一步：使用CLUSTALX多序列比对， File/Load Sequenes读入testSeq.fasta，输出格式File/Save Sequenes as 为*.PHY 这步的目的是完成格式转换，准备构建进化树的序列 PHY的格式 输出的*.PHY文件： 8和50分别表示8个序列和每个序列有50个氨基酸  第二步：双击打开SEQBOOT ,按路径输入刚才生成的 *.PHY文件；设定适当参数；输出outfile文件。 注意输入正确的文件地址，可以把文件拷到当前目录 随机数 可以使用默认值，输入Y 这步的目的是用Bootstrap的方法产生多个复本 重命名Outfile文本文件为Outfile1，打开如下： （包括了100个replicates） 第三步：打开PROTPARS（最大简约法），输入Outfile1文件后如下显示： 设定适当参数；运行输出outfile和treefile文件。 目的是构建各个副本的进化树 多组数据 重命名Outfile文本文件为Outfile2，重命名OutTree为OutTree2；打Outfile2开如右： （包括了100个replicates的结果） 第四步：打开CONSENSE程序，输入outtree2，运行输出outfile和treefile文件。分别重命名为outfile3和treefile3.tre 该步骤目的是综合100个复本，构建一致的进化树 获得的结果文件中，文本文件outfile3显示如下： outfile 树文件outtree3.tre用TREEVIEW软件打开显示： outtree 作业： 自主选择你所感兴趣的问题，利用生物信息学信息检索途径，回答你的问题。 格式： 已知：… 待查询问题： … 解答途径： 方法、数据库… 结果：… 鼓励使用新途径解决新问题！ 本科已修生物信息课的同学可以不用上机，但需要完成此项作业。 作业要求 发信至 sntt@ 邮件名称：学号+姓名 答题内容使用文本文件（TXT），如无截图内容不要使用Word文件或其他格式。 文件名：学号+姓名.TXT * * * * * *