基因、基因组及基因组学要点分析.pptVIP

基因、基因组及基因组学 基因、基因组及基因组学 基因：是指遗传物质（主要是DNA）分子上最基本的功能单位。编码的终产物可以是蛋白质也可以是RNA。 基因组：一般是指某一物种单倍体细胞内的全套染色体DNA。基因组可分为原核生物基因组、真核生物基因组和细胞器基因组。 基因组学：研究基因组结构与功能的学科。 基因组学分类 根据研究对象分： 　　动物基因组学、植物基因组学、肿瘤基因组学、药物基因组学、环境基因组学等 根据研究的重点分： 　　结构基因组学、功能基因组学、比较基因组学 结构基因组学 概念和目的 基因图谱 结构基因组学研究常用方法 结构基因组学 基因定位 基因组作图 测定核苷酸序列 结构基因组学的概念和目的 以全基因组测序为目标的基因结构研究弄清基因组中全部基因的位置和结构，为基因功能的研究奠定基础。 其目的是建立高分辨的基因图谱。 基因图谱 遗传图谱（连锁图谱） 物理图谱 序列图谱（分子水平的物理图谱） 遗传图谱（连锁图谱） 概念：指基因或分子标记在染色体上的相对位置与遗传距离，用厘摩（cM）表示。 1cM的遗传距离表示在100个配子中有1个重组子。在哺乳动物中，遗传图谱上1cM的距离大约相当于物理图谱上1 000 000bp。 通过该图谱可分清各基因或分子标记之间的相对距离与方向，如靠近着丝粒或端粒。 该图谱的构建是以位于同一染色体相邻的2个基因或遗传标记的重组率为基因，因而需要有参考家系和分子遗传标记或基因作为研究基础。 遗传图谱与遗传标记 采用遗传分析的方法将基因或其他DNA序列标定在染色体上构建连锁图。 有可以识别的标记，才能确定目标的方位及彼此之间的相对位置。 构建遗传图谱就是寻找基因组不同位置上的特征标记。 包括： 形态标记 细胞学标记 生化标记 DNA分子标记 多态性 所有的标记都必须具有多态性！ 花色：白色、红色 株高：高、矮 血型：A、B、O型 淀粉：糯、非糯 所有多态性都是基因突变的结果！ 形态标记 形态性状：株高、颜色、白化症等 又称表型标记 控制性状的其实是基因，所以形态标记实质上就是基因标记。 数量少 很多突变是致死的 受环境、生育期等因素的影响 伯乐相马 细胞学标记 明确显示遗传多态性的染色体结构特征和数量特征： 染色体的核型 染色体的带型 染色体的结构变异 染色体的数目变异 优点：不受环境影响 缺点：数量少、费力、费时、对生物体的生长发育不利 生化标记 又称蛋白质标记 就是利用蛋白质的多态性作为遗传标记。如同工酶 优点：数量较多，受环境影响小 缺点：受发育时间的影响、有组织特异性、只反映基因编码区的信息 DNA分子标记 简称分子标记，以DNA序列的多态性作为遗传标记 随着分子生物学的发展，相继建立了RFLP、TRS、SNP等多种分子遗传标记检测技术，开创了遗传标记研究的新阶段。 优点： 不受时间和环境的限制 遍布整个基因组，数量无限 不影响性状表达 自然存在的变异丰富，多态性好 共显性，能鉴别纯合体和杂合体 分子遗传标记 RFLP（第一代）：限制性片段长度多态性 TRS（第二代）：串联重复序列标记 SNP（第三代）：单核苷酸多态性 RFLP的原理 利用限制性内切酶消化基因组DNA，形成大小不等、数量不同的分子片段， 酶切位点的改变，会使得RFLP谱带表现出不同程度的多态性. PCR－RFLP 将PCR技术用于RFLP分析，即PCR-RFLP。 该技术先用1对引物特异性扩增基因组的某一高变区，然后用限制性内切酶消化PCR产物，电泳检测多态性。 PCR－RFLP的应用 TRS 真核生物基因组中的可变串联重复序列 （variable number tandem repeated sequence， VNNTR）有两类:小卫星和微卫星，两者具有高度的变异性。 小卫星 DNA 小卫星重复单位的核心序列为15~76bp 近缘物种和个体间的小卫星核心序列有着一定的同源性，在一定的条件下可以相互杂交。 DNA指纹图谱原理 选择在VNTR特异序列上没有酶切位点的限制性内切酶将动物总基因组DNA切成不同长度的片段； 以VNTR中特异序列作为探针，进行Southern杂交； 由于不同个体的串联重复序列的数目和位置不同，形成的杂交谱带具有个体的特异性，人们称为DNA指纹图谱。 VNTR示意图 微卫星DNA 又称简单序列重复（simple sequence repeat，SSR） 是高度重复序列，广泛存在于真核生物基因组，重复单位的核心序列为2~6bp。 微卫星遗传标记的原理 以微卫星DNA标记两侧特异性序列设计专一引物，通过PCR技术扩增微卫星片段，扩增产物经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，不同个体间因核