宏基因组资料.pptVIP

环境保护和污染修复 可以有效地从环境中分离新的基因、化合物和生物催化剂； 所构建的工程菌可用于处理各种复杂污染物，是非常有前景的降解酶系基因筛选方法； 所获取的多样性信息可以在废水处理的各种反应器系统、污染物降解过程中微生物的作用和调控、营养物循环和富营养作用的微生物生态、微生物对环境和气候的监测等研究中发挥作用 分析微生物种群多样性，检测评价环境健康 开拓天然产物新资源 2000年8月, Brady和Clardy等人构建了一个含有约7000000个重组子的环境DNA (eDNA) 粘粒文库, 筛选出具有抗芽孢杆菌活性的克隆65个, 并从其中一个克隆发酵物中分离出一系列具有抗菌活性的长链N2酰基酪氨酸类新化合物1213 开拓天然产物新资源 2000年3月, Wang等人首次以链霉菌为宿主构建了土壤样品宏基因组文库,并从中分离得到了外源基因的表达产物Terragigine A2E 和Norcardamine 。其中, Terragigine类为首次从eDNA重组微生物产物中发现的新类型的化合物。 医学领域 Breitbart等利用宏基因组方法分析了人粪便中不可培养的病毒群体，发现该群体中包含1200个病毒基因型，对其序列分析表明大多数是之前没有报道的 Walter等对小鼠大肠微生物群构建了宏基因组文库，并对表达β-葡聚糖酶活性的克隆进行了筛选，发现2个克隆是来自不可培养微生物 Diaz—Torres等利用宏基因组学方法，对口腔细菌群体中耐药基因进行了分析。结果证明用宏基因组学方法进行耐药情况调查和研究是可行的 Gill等建立了人肠道微生物群的宏基因组，并对其代谢特征进行了分析 Manichanh等利用宏基因组方法对比研究了正常人和节段性回肠炎病人肠道微生物多样性，发现病人肠道微生物多样性大大降低，尤其是硬壁菌门的细菌种类大大减少 医学领域 新感染性疾病的发现(例如临床存在很多不明原因的发热病人．他们中是否有被不可培养微生物感染的可能．值得深入探讨)； 正常人及某些疾病患者的肠道生境中微生物群体多样性分析，以及与疾病的可能关系； 不可培养微生物耐药情况及其机制分析，以及在耐药传播机制中的作用； 特殊微生物群体致病机制研究(例如生物膜的研究) 从微生物生境中发现有医学应用价值的生物活性新物质 新型生物催化剂开发 传统的新型酶的筛选方法大大限制了筛选的广泛性和有效性。宏基因组学通过直接从环境中提取DNA 样品,尽可能为后面的筛选提供更加全面和多样的基因资源,从而有效地提高了新酶的筛选效率。 一般来说,新功能酶的筛选主要还是基于活性筛选。 这种不依赖于序列的方法总体上可对所有新酶的活性或特异性进行鉴定。虽然,基于序列的筛选方法可能不像功能筛选那样具有较强的目标性,但通过有目的地设计杂交探针或PCR 引物,可一定程度地减少文库的容量,缩小筛选的范围。 待解决问题 文库的质量，目前已发表的文库很少能够覆盖整个宏基因组，这需要进一步优化DNA的提取及克隆方法。 高通量的有效筛选平台，目前从几万或几十万个克隆中只能筛选到几个有活性的基因，这主要是由于微生物多样性高，宏基因组比较复杂，以及外源基因在宿主菌中的表达障碍等等。 宏基因组学研究主要集中于原核生物，对真菌等真核生物研究较少，所构建文库多为DNA文库，cDNA文库较少。 解决方法 利用富集等方法简化宏基因组 需要发展新的载体和宿主菌，提高异源表达效率，同时建立更为敏感的高通量筛选方法 开发样品中真核微生物的裂解方法以及RNA的分离方法 人有了知识，就会具备各种分析能力， 明辨是非的能力。 所以我们要勤恳读书，广泛阅读， 古人说“书中自有黄金屋。 ”通过阅读科技书籍，我们能丰富知识， 培养逻辑思维能力； 通过阅读文学作品，我们能提高文学鉴赏水平， 培养文学情趣； 通过阅读报刊，我们能增长见识，扩大自己的知识面。 有许多书籍还能培养我们的道德情操， 给我们巨大的精神力量， 鼓舞我们前进。 * 宏基因组 产生背景 人类基因组计划(human genome project，HGP)的完成，从结构基因组学进入以功能性基因组研究为主的后基因组时代 人体的生理代谢和生长发育不仅受自身基因控制，还与其他生物基因组相关。已证明体内菌群的组成和活动与人的生长发育、生老病死息息相关。 要想了解生命的起源、本质、进化和相互作用及影响，就必须对彼此密切相关的生物进行各个基因组学及其相互关系的研究。 宏基因组学 宏基因组学是一种基于无需预先培养来利用环境样品基因组资源，获得活性物质和功能基因的新技术，因而绕过了菌种纯培养障碍，可直接从自然界获取遗传信息，极大拓宽了微生物资源的利用空间，正成为国际生命科学研究最重要的热点之一 宏基因组学的发展 宏基因组学的发展经历了4个阶段： 环境基因组学 微生物基因组学