生物信息学绪论要点详解.pptVIP

采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。 收集、加工、储存：计算机科学家 分析、解释：生物学家 20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端(序列比对算法) 20世纪80年代初期，生物信息分析方法的发展 20世纪80年代以后，生物信息服务机构和数据库 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速发展 1956: 美国田纳西州首次召开了“生物学中的理论研讨会”； 1962: Zucherkandl和Pauling研究了序列变化与进化的关系，开创了一个新的领域——分子进化； 1967: Dayhoff研制出蛋白质序列图集，即后来著名的蛋白质信息源PIR； 1970: Needleman和Wunsch提出了著名的序列比对算法，是生物信息学发展中最重要的贡献； 1970: Gibbs和McIntyre发表著名的矩阵打点做图法； 1978: Gingeras等人研制了核酸序列中酶切位点识别程序； 1981: Smith和Waterman提出了著名的公共子序列识别算法，同年Doolittle提出了关于序列模式的概念； 1982: GenBank第3版本正式发行； 1983: Wilbur和Lipman发表了数据库相似序列搜索算法； 1986: 日本核酸序列数据库DDBJ诞生； 1986: 蛋白质数据库SWISS-PROT诞生； 1988: 美国国家生物技术信息中心NCBI诞生； 1988: 成立欧洲分子生物学网络(EMBNet)，EMBL数据库诞生； 1988: Person和Lipman发表了著名的序列比较算法FASTA； 1990: 快速相似性序列搜索算法BLAST问世，1987年BLAST的改进版本PSI-BLAST投入使用 1996: Affymetrix生产出第1块DNA芯片。 生物信息学主要研究内容 1、生物分子数据的收集与管理 2、数据库搜索及序列比较 3、基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 生物信息学主要研究内容 1、生物分子数据的收集与管理 2、数据库搜索及序列比较 3、基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。 收集、加工、储存：计算机科学家 分析、解释：生物学家 概念（狭义） Bioinformatics 第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。 生物分子信息的特征 生物分子信息数据量大 生物分子信息复杂 生物分子信息之间存在着密切的联系 How Much Data - PDB 生物信息学主要研究内容 1、生物分子数据的收集与管理 2、数据库搜索及序列比较 3、基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 数据库搜索及序列比较 搜索同源序列在一定程度上就是通过序列比较寻找相似序列(Blast搜索工具) 序列比较的一个基本操作就是比对（Alignment），即将两个序列的各个字符（代表核苷酸或者氨基酸残基）按照对应等同或者置换关系进行对比排列，其结果是两个序列共有的排列顺序，这是序列相似程度的一种定性描述 多重序列比对研究的是多个序列的共性。序列的多重比对可用来搜索基因组序列的功能区域，也可用于研究一组蛋白质之间的进化关系。 数据库搜索及序列比较 AAGCTTAACGT AATCTTA -CGT 生物信息学主要研究内容 1、生物分子数据的收集与管理 2、数据库搜索及序列比较 3、基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 基因组序列分析 遗传语言分析——天书 基因组结构分析 基因识别 基因功能注释 基因调控信息分析 基因组比较 生物信息学主要研究内容 1、生物分子数据的收集与管理 2、数据库搜索及序列比较 3、基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 基因表达数据的分析与处理 基因表达数据分析是目前生物信息学研究的热点和重点 目前对基因表达数据的处理主要是进行聚类分析，将表达模式相似的基因聚为一类，在此基