基因组数据注释和功能教案详解.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 系统进化树构建方法 基于距离:通过计算分子序列之间的距离来构建系统发生树。代表有除权配对法(UPGMA) 和邻接法(Neighbor-joining，NJ）。 基于字符特征：从垂直的角度来分析多序列联配结果，在每一列氨基酸的排列形式中，哪一种最能解释字符进化。代表有最大简约法（Maximum Parsimony，MP）和最大似然法（Maximum Likelihood，ML）。 MEGA5内嵌五种系统进化树构建方法 分化程度较大的远缘序列： 最大似然法（Maximum Likelihood，ML） 邻接法 （Neighbor-joining，NJ） 最小进化法（Minimum-Evolution，ME） 分化程度较小的近缘序列： 最大简约法（Maximum Parsimony，MP） 除权配对法（UPGMA） 进化树的可靠性分析 BootstrapMethod 从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列，构成相同长度的新的排列序列 重复上面的过程，得到多组新的序列 对这些新的序列进行建树，再观察这些树与原始树是否有差异，以此评价建树的可靠性 至少进行100次重复取样 原始数据多 序列比对结果 对序列中每个 位置重复抽样， 基于原比对结果 生成多个样本 Original tree Bootstrap consensus tree 节点上的值为通过 Bootstrap检验次数的百分数 不同树型选择 Tree:树型选择 Branch:分支信息修改 Label:分支名称修改 Scale:标尺设定 Cutoff:阈值设置 软件 网址 说明 ClustalX http://bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX/ 图形化的多序列比对工具 ClustalW http://www.cf.ac.uk/biosi/research/biosoft/Downloads/clustalw.html 命令行格式的多序列比对工具 GeneDoc /biomed/genedoc/ 多序列比对结果的美化工具 BioEdit /BioEdit/bioedit.html 序列分析的综合工具 MEGA / 图形化、集成的进化分析工具，不包括ML PAUP / 商业软件，集成的进化分析工具 PHYLIP /phylip.html 免费的、集成的进化分析工具 PHYML http://atgc.lirmm.fr/phyml/ 最快的ML建树工具 PAML http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html ML建树工具 Tree-puzzle http://www.tree-puzzle.de/ 较快的ML建树工具 MrBayes / 基于贝叶斯方法的建树工具 MAC5 /software/mac5/ 基于贝叶斯方法的建树工具 TreeView http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html 进化树显示工具 上机练习4：MEGA 5 谢谢！ * * * * * * * * * * * * * PSI-BLAST 可以幫使用者比對相同蛋白質家族的氨基酸序列 PHI-BLAST 可以就特定的氨基酸部分進行比對； * PAM模型可用于寻找蛋白质的进化起源，而BLOSUM模型则用于发现蛋白质的保守域。 * Pam 1 表示有1%的氨基酸形成突变 Blosum62 表示比对结果中至少有62%的氨基酸相同 * * * * * * * * 输入“formatdb -i db -p T”，回车 对db数据库进行格式化 输入“dir”，回车 查看bin文件夹下内容 格式化以后产生的文件 输入“blastall -p blastx -i in -d db -o out -e 2e-5 -m 9” -〉回车 运行blastx程序 产生的结果文件“out” 用记事本查看结果文件 不使用-m参数或者-m参数为0时 显示序列两两比对结果 多序列比对 Multiple Sequence Alignment 多序列比对的应用： 系统发育分析(phylogenetic analysis) 结构预测(structure prediction) 序列基序鉴定(sequence motif identification) 功能预测(function prediction) ClustalW/ClustalX：一种全局的多序列比对程序，