线粒体基因全分析及进化树的构建毕业论文.docVIP

1、前言（Introduction） 英国《自然》杂志网络版报道，2.23亿个碱基对，占人类基因组中碱基对总量的8%左右第一号染色体动物mtDNA属母系遗传，是共价闭合的双链DNA分子，核酸序列和组成比较保守，基因的排列顺序比较稳定而且紧密，无重组和单拷贝。由于其结构和进化上的特点，mtDNA已成为研究动物起源进化以及群体遗传分化的理想对象。昆虫mtDNA大小约为15．416．3kb，其基因组大小的变化受A+T-rich区长度变化的影响十分显著。A+T-rich区(A+T丰富区)的长度最短为399 bp，最长达4601 bp，两者相差4202bp，前者见于Tricholepidion gertschi，后者见于黑尾果蝇Drosophila melanogaster。昆虫线粒体基因组由2个rRNA基因(1rRNA和srRNA)、22个tRNA基因、13个蛋白编码基因[Cytb基因(细胞色素b基因，cytochrome oxidase b)，ATPase6和ATPase8(ATP酶亚基基因6和8，ATP synthase subunits 6 and 8)，Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ(细胞色素氧化酶亚基基因Ⅲ，cytochrome oxidasesubunit Ⅲ)，NDl-6和ND4L(NADH降解酶基因16和4L，NADH dehydrogenase subunit 1-6 and 4L)]，共37个基因和1个包含复制启动子的非编码区(A+T-rich区)组成。Aloni 和 Attardi将mtDNA两条链中密度较小者命名为轻链(L链)，另一条命名为重链(H链)。考虑到昆虫mtDNA没有明显的L链与H链之分，Simon等根据昆虫mtDNA中多数基因都是从一条链上转录的特点，将这一条链定义为J链，另一条链定义为N链[]。自Wolstenholme和Clary第一个报道了果蝇Drosophila yakuba mtDNA全序列以来，GenBank已收录了80余种昆虫mtDNA全序列，其中双翅目昆虫有15个种。在双翅目实蝇科昆虫中，地中海实蝇Ceratis capitata和油橄榄果实蝇ctrocera oleae的线粒体基因组全序列已有报道[]。 梨小食心虫，学名Grapholitha molesta (Busck)，简称“梨小”，别名有梨小蛀果蛾、东方果蠹蛾、梨姬食心虫、桃折梢虫、小食心虫、桃折心虫。属于鳞翅目Lepidoptera)，小卷叶蛾科Olethreutidae)。梨小在各地果园均有发生，是梨树的重要害虫，在梨、桃树混栽的果园为害尤为严重。梨小除为害梨、桃树外，也为害李、杏、苹果、山楂等，严重影响果品质量及梨果产量，尤其是长江、黄河流域最严重[]。是通过NCBI下载的梨小食心虫的全线粒体基因，并对其结构和功能进行分析。 2、材料和方法（Marerial and Methods） 2.1、研究思路 2.2、搜索基因 2.2.1、在NCBI中搜索梨小食心虫线粒体全基因序列 方法： 首先进入NCBI的官网/，在Search中选择All Databases,在查询框中输入Grapholita molesta mitochondrion，点击Search,然后选择Geneome,总共出现一条记录，即选择NC 014806, Display 选择为Genbank,选择Download中的Genbank格式，即可下载得到梨小食心虫的线粒体全基因序列。 2.2.2、用DNAMAN分析其基因结构 对于获取的海量数据，我们要先进行一些基本的分析，确定基因的分子量、碱基的组成等信息。 方法： 选取梨小食心虫的线粒体基因，选取显示的方式为包含cds,点击确认，即可。 2.2.3、碱基同源性分析的方法 方法： 进入网址：/BLAST/，在序列中提交NC 014806，其他选项默认设置。 通过在线的BLAST的比对，可以找到与梨小食心虫线粒体同源性最高的物种，从而可通过研究其同源性高的物种，间接研究该物种，为该物种的进一步研究提供一定的理论依据。 2.2.4、开放性阅读框（ORF）分析的方法 方法： 利用NCBI的ORF Finder程序对NC 014806做开放性阅读框分析。 网址如下： /projects/gorf/orfig.cgi 参数选择：Genetic Codes：1 Standard 开放阅读框[open reading frame0RF] 是结构基因的正常核苷酸序列，从起始密码子到终止密码子的阅读框可编码完整的多肽链，其间不存在使翻译中断的终止密码子。 ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件[6]。 通过ORF的分析，我们可以确定全基因中哪段基因片段可以翻译为蛋白质，从而为特定蛋白质的功能的确定提供依据