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結晶解析による構造の精度 ～構造解析をしないバイオインフォマティクスの人へ～ 東京医科歯科大学 難治疾患研究所 伊藤 暢聡 PDBj講習会＠東京農工大 2013年3月7 日 本日のメニュー • 何が問題か？ • 結晶構造解析「超入門」 • 位相の落とし穴（「位相問題」とモ デルバイアス） • いろいろな指標 • 最終兵器 何が問題か？ ＰＤＢデータに関する（大）前提の違い PDB に登録された構造 成果 情報源 Structural Biologists Bioinformatics 構造決定の“技術的な”問題点 • 基本的にデータ不足 （under-determination） 連立方程式（実は不等式＝データ精度）で変数 の方が多い可能性が高い • 常に研究者の「解釈」が介入する ゲノムの塩基配列のようなデジタル情報ではな い • 結晶の質や構造の安定性のために、構造の精 度は結晶間でも結晶内でも一定ではない グローバルな指標だけでは解決しない 具体的な「エラー」 （構造解析に根本的な問題がない、と仮定 して） • グローバルなエラーは、ほぼ無くなってい る（が…） • ローカルなエラー（あるいは情報の欠如） は、無くすのが困難。 実例①（グローバル） PDB 論文 全然、似ていない六量体構造 実は、「結晶学的」には「どちらも正しい」 実例②（ローカル） Carp Parvalbumin PDB ID 4CPV 5CPV Authors Kumar et al. Swain et al. (1990) (1989) Spacegroup C2 C2 a, b, c (Å) 28.5 61.0 54.4 28.7 60.6 54.3 beta (deg) 95.0 94.6 Resolution (Å) 1.5 1.6 R factor (%) 21.5 18.7 RMSD (Å) 0.44 (main) 1.03 (all) Max (Å) 3.03 (main) 7.40 (all) 当然、全体的にはそっくり 4CPV 5CPV でも、微妙に違う… よく見ると… 一見、よく一致している部分でも （Leu67） Ｘ線結晶解析「超入門」 タンパク質の（単）結晶 • 同じ構造を持ったものの空間的な繰り返し。 その基本となる平行六面