果蝇基因组中内含子数目和密码子使用偏性的关系.pdfVIP

摘要 摘 要 密码子使用偏性是指生物体中编码同一种氨基酸的同义密码子的非均匀使用 现象。在后基因组时代的今天，大量的研究表明从原核生物基因组到真核生物基 因组密码子使用偏性广泛存在，并且已经提出了“选择一突变一漂变 菌、酵母和果蝇等基因组中同义密码子趋向于使用以G-或C．结尾的密码子。这些 密码子是稍微有利的，因为它们对应了相应基因组中的tRNA丰度分布，从而有利 于基因编码产物的高效合成。“选择一突变一漂变”理论的一个重要推论是，如果一 个基因经历了较强的选择压力(如高表达)，那么它应该有更大的密码子使用偏性。 真核生物基因远比原核基因复杂，大多数真核基因的编码区域是非连续的， 编码区域被内含子分割为若干个小片段。最近，一个群体遗传理论研究表明，内 含子的插入可能是稍微有害的(Lynch2002)。因此，如果一个基因经历了较强的选 择压力，那么它应该有较少的内含子。根据以上的两个推论，我们可以预测一个 基因的内含子数目与密码子使用偏性应该有一个负相关关系。本文的目的就是利 用模式生物果蝇基因组信息证明这一预测。 我们的结果表明果蝇基因内含子数与密码子使用偏性有显著关系，随着内含 子数目的增加，基因中的GC(包含内含子)含量及密码子使用偏性(the scaled矿 着内含子数的增加而增大，在内含子数为2时最大，然后随内含子数的增加而减 小。对于只有一个内含子的基因，内含子插入位点的不同对GC含量及密码子使用 偏性也有影响，内含子插入位点离起始密码子距离越远，基因中的GC含量、CDS 的GC含量及密码子使用偏性也越小。 对于作为蛋白质翻译终止信号的终止密码子，统计结果显示：在没有内含子 的基因中，终止密码子的使用具有极大的偏好性，随着内含子数的增加，这种偏 好性逐渐减弱，但仍然偏好于使用TAA作为终止密码子，其次是TAG，TGA的 使用量最少，终止密码子的这种使用偏性在高表达基因中表现得更加强烈。另外， 我们还发现内含子长度与CDS长度的比值与GC含量及密码子使用偏性也有显著 关系。 ． ． 我们的结果是与密码子使用的“选择一突变一漂变”理论相一致的，意味着在真 核生物如果蝇基因组中，密码子使用偏性与其基因结构(内含予数)的进化有耦 联性，并且不仅是由突变、漂变也是由选择所决定的。 关键词：内含子 密码子使用偏性 果蝇 两南大学硕+学何论文 ABSTRACT Codonbiasisthe useofthe codomthat ofnon·uniformitysynonymous usage phenomenon codonscodeforthesameaminoacid．Inthe lot indicate era，a ofinvestigations many post-genome that biasis inboth and the codon usage widespreadeukaryoticprokaryoticgenomes，and hasbeenforwardto the mechanismof evolutionary ”selection—mutation-drift”theoryput explaining thecodon bias．Inthe ofsome suchasthe and