大珠母贝(empinctadamaximaem)α-淀粉酶基因cdna及其内含子克隆分析.pdfVIP

热带海洋学报 JOURNAL OF TROPICAL OCEANOGRAPHY 2013 年 第 32 卷 第 3 期: 52−58 海洋生物学 doi:10.3969/j.issn.1009-5470.2013.03.008 大珠母贝(Pinctada maxima)α-淀粉酶基因cDNA 及 内含子克隆分析 1,2 1 1,2 1,2 1 潘俐玲 ，黄桂菊 ，成书营 ，王晓宁 ，喻达辉 1. 农业部南海渔业资源开发利用重点实验室 , 中国水产科学研究院南海水产研究所, 广东 广州 510300 ； 2. 上海海洋大学水产与生命学院, 上海 201306 摘要: α-淀粉酶广泛分布于动物、植物和微生物中，是贝类软体动物的主要消化酶，对贝类生长有重要影响。文 章首次获得大珠母贝α-淀粉酶基因(命名为 pmAMY , Pictada maxima alpha amylase) ，其 cDNA 全长 1732bp，其中 5UTR 25bp ，ORF 1554bp ，编码 518 个氨基酸，3UTR 153bp ，分子量为 57.7KDa ，等电点 7.63 。氨基酸序列分 析表明，pmAMY 的氨基酸序列包括 16 个氨基酸组成的信号肽序列(MLLIVCSIAFFHSVYG) 、8 个半胱氨酸位点 (Cys46 、Cys104 、Cys157 、Cys176、Cys392 、Cys398 、Cys464 、Cys476) 、3 个活性催化位点(Asp213 、Glu249 、Asp314) 、4 个钙结合位点(Asn118 、Arg 174 、Asp 183 、His217) 、3 个氯离子结合位点(Arg211 、Asn312 、Arg350)和 4 段保守序列(Ile111 —Val 116 、Val207—Ala215 、Phe247—Val251 、Val308—Asn315) 。pmAMY 的氨基酸序列与企鹅珍珠贝(Pteria penguin) 同 一性最高，为 82% ；与超嗜热古菌(Thermococcus hydrothermalis) 同一性最低仅为 27% ；与其他物种的同一性在 57% —79%之间。克隆获得大珠母贝 pmAMY 基因的 2 个内含子，长度分别为 846bp、162bp。2 个内含子都起始于 GT ， 终止于 AG ，符合内含子共同剪接位点序列。组织表达分析表明pmAMY 只在肝胰脏中表达。本研究为α-淀粉酶基 因的功能分析、单核苷酸多态性(SNP, single nucleotide polymorphism)位点分离及其与生长性状的关联分析奠定了 基础。 关键词: 大珠母贝; α-淀粉酶基因; 外显子 ; 内含子; 序列特征 中图分类号: P735.54 文献标识码: A 文章编号: 1009-5470(2013)03-0052-07 Cloning and characterization of alpha amylase cDNA and its introns in the pearl oyster Pinctada maxima 1,2 1 1,2 1,2 1 PAN Li-ling , HUANG Gui-ju , CHENG Shu-ying , WANG Xiao-ning , YU Da-hui 1. Key Laboratory of South China Sea Fishery Resources Exploitation Utilization, Ministry of Agriculture, P. R. China , South China Sea Fi