生物材料解析.ppt

Tianjin University * 4. 面临的问题和挑战 (3) 3. 遗传密码的延伸和拓展：共价修饰、环境因素及表观遗传学 (1)在何等程度上遗传因素决定了生物体的表型？在何等程度上环境因素起着另一层的作用？ (2)我们能否推测究竟哪个激酶磷酸化哪个底物？哪个泛素连接酶负责哪个底物的降解？这些底物都具有什么样的功能？ Tianjin University * 4. 一维的遗传编码，如何实现三维的世界？能否通过序列来预测蛋白质的结构？ (1)非共价的作用在计算最低自由能种有着何等意义？如何进行描述？给定一个结构设计序列为何比给定一个序列来预测结构更为容易？ (2) 基因组的信息如何与能量的因素结合起来，进行蛋白质三级结构的预测？ 面临的问题和挑战 (4) Tianjin University * 5.细胞的功能及仿真模拟，系统生物学研究 (1) 什么样的基因组及蛋白质组的信息对于理解蛋白质相互作用网络有帮助？这些网络在细胞周期过程中如何发生变化？ (2)根据细胞的分子组分，能否模拟其代谢的过程？对于生命体能否通过仿真提供新的观点？单个细胞与一群细胞的平均状态时否相同？ 面临的问题和挑战 (5) Tianjin University * 6.不同细胞之间的信息的转递 例如，人类细胞被结核分枝杆菌所感染，究竟是由寄主细胞中的一个遗传位点，还是多个所决定？ 面临的问题和挑战 (6) Tianjin University * 7. 药物基因组学 从病人体内得到基因组/蛋白质组的分子谱图究竟能够提供什么样的信息？对药物设计的意义何在？ 4. 面临的问题和挑战 (7) Tianjin University * 8. 物种形成及进化 (1)能否从基因组的层面上定义一个物种？ (2)新基因的起源是怎样的？ 4. 面临的问题和挑战 (8) Tianjin University * 1.确立研究的生物学体系。例如：细胞有丝分裂过程；特定癌症的发生和发展；蛋白质三级结构与功能； 2.确定研究的问题。是否需要实验的支持？之前哪些计算方面的工作？ 3.构建生物学/数学模型，例如：磷酸化位点的预测，构建模型获得激酶识别位点特定的氨基酸肽段。 5. 研究生物信息学的一般方法 Tianjin University * 4.计算方法的选择：HMM, SVM, Bayesian，ANN等。 5.计算结果分析，构建相应的计算工具/数据库/软件/在线网站，并与同类工具做比较。 6.计算工具的应用。有哪些用处？ 5.研究生物信息学的一般方法 基于现有的生物信息数据库和资源，利用成熟的生物信息学工具（专业网站、软件）解决生物信息学问题 1. 生物信息数据库（NCBI、EBI等）的使用 2. 基因组序列分析、序列比对软件（GCG、BLAST、CLUSTAL等） 生物信息学研究的三个层面 初级层面 基于现有的生物信息数据库和资源，利用成熟的生物信息学工具（专业网站、软件）解决生物信息学问题 3. 同源建模软件（FASTA、Modeler等） 4. 分子动力学模拟软件（GROMACS、NAMD等） 5. 搜集、整理有特色的生物信息学数据集 生物信息学研究的三个层面 初级层面 利用数值计算方法、数理统计方法和相关的工具，研究生物信息学问题 1. 概率、数理统计基础 2. 科学计算基础 3. 现有的数理统计和科学计算工具（EXCEL、SPSS、SAS、 MATLAB等） 4. 建立有特色的生物信息学数据库 生物信息学研究的三个层面 中级层面 提出有重要意义的生物信息学问题；自主创新，发展新型方法，开发新型工具，引领生物信息学领域研究方向。 1. 面向生物学领域，带着生物学问题 2. 数学、物理、化学、计算科学等思想和方法 3. 建立模型，发展算法 4. 自行编程，开发软件，建立网页（Linux系统、C/C++、PERL、数据库技术） 生物信息学研究的三个层面 高级层面 1. 一定的计算能力，包括相应的软、硬设备。要有各种数据库或者能与国际、国内的数据库系统进行有效的交流。要有发达、稳定的互联网络系统； 2. 强有力的创新算法和软件。没有算法创新，生物信息学就无法获得持续的发展； 生物信息学研究应具备的科学基础 3. 与实验科学，特别是与自动化的大规模高通量的生物学研究方法与平台技术建立广泛、紧密的联系。这些技术，既是产生生物信息数据的主要方法，又是验证生物信息学研究结果的关键手段。 从事生物信息学研究的人员必须具备多学科交叉的知识。 生物信息学研究应具备的科学基础 Tianjin University * 参考文献 1、《生物信息学-从基因组到药物》 郑珩 王非等译 化学工业出版社 2、《结构生物信息学》