第八章化学物质与核酸的相互作用概要.ppt

化合物与DNA的结合方式 根据DNA分子结构特点，作用于DNA的小分子药物一般又分为烷化剂（包括交联剂）、嵌入剂、DNA沟区结合剂以及DNA断裂剂。 许多新型的DNA结合剂常常具有双重特点，如将具有选择性的沟区结合剂或嵌入剂上连接烷化剂、催化水解、氧化的活性基团形成专一性的新型烷化剂、断裂剂或断裂剂。 1，靶向DNA小沟区的非共价作用 DNA双螺旋的表面有两个凹下去的槽，一个大槽和一个小槽，分别称为大沟和小沟。大沟区中有大量的氢键受体和供体，它们的亲和力决定了该区有较强的序列识别能力，主要结合一些特异性蛋白。 分子量小于1 000的小分子，包括一些抗生素，主要作用于小沟区。这是由于DNA小沟区常常处于一种空穴状态，易受外界物质的攻击。 小分子药物与DNA作用主要是与胸腺嘧啶基C-2位的羰基氧或腺嘌呤基N-3位的氮原子形成氢键，虽然同样的基团在GC碱基对上也存在，但鸟嘌呤上的氨基对氢键的形成有空间位阻作用。 沟区结合剂的结构特征 典型的小沟区结合的药物分子具有以下特征： 1，由几种简单的芳香杂环结构如呋喃、吡咯、咪唑或苯环构成平面共轭体系； 2，整个分子常常呈“月牙”形状； 3，分子两端一般含有碱性的氨基、咪基或胍基。 这些芳环由扭转自由的键来连接，由此产生合适的扭转力来匹配小沟区内的螺旋曲线，取代沟区中的水分子并与DNA双螺旋链个沟区的碱基对边缘通过氢键、范德华力、静电相互作用在小沟中的AT富集区与DNA形成一种三明治的结构，具有一定的特异性。 （1）偏端霉素(distamycin) 偏端霉素Ａ对DNA的AT富集区有高选择性，尤其与5?-AAATT-3?序列的结合性非常好。具有很强的抗病毒和抗肿瘤活性由于它在体内有很强的不良反应,没有用于临床。 此类抗肿瘤抗生素能够对称地位于Ｂ型DNA小沟的中间，分子中的每一个酰胺键均与相邻的碱基腺嘌呤的Ｎ(3)和另一条链上的胞嘧啶的Ｏ(2)形成桥型的氢键。 将咪唑环引入偏端霉素类似物中[咪唑环的Ｎ可以与鸟嘌呤Ｃ(2)的氨基形成氢键，以期获得对GC碱基对具有识别功能的小分子，提高寡聚酰胺的识别特异性； 偏端霉素的核心结构是寡聚的吡咯酰胺，分子中不含手性中心，容易合成。几个偏端霉素类似物，并发现它们对肝癌细胞、胃癌细胞有显著的抑制作用； 用荧光与圆二色散谱研究了它们与小牛胸腺DNA、鱼精DNA的相互作用。经过筛选寻求高活性、高选择性、低细胞毒性的基因选择药物。 偏端霉素与AAATT 的2:1复合物偏端霉素与AATT的1:1复合物 (2)纺锤霉素(netropsin) Netropsin是一种抗病毒物质，Dickerson及合作者已经得到了nertopsin结合到DNA双螺旋结构d(CGCGAATTCGCG)2的结晶，通过X射线衍射得到了在小沟区形成的复合物的晶体结构，netropsin结合到DNA双螺旋的AATT中心，并取代了该区域中的寡核苷酸水合骨架部分。 它的特异性与指向中心的酰胺NH基和DNA小沟处的腺嘌呤碱基的N-3及胸腺嘧啶碱基的O-2形成氢键有关。它通过范德华力与DNA沟区边缘的原子接触而保持在沟区中心。 另外，由于该药物为二价阳离子物质，故其与DNA之间的静电作用也会增加AT结合的特异性。 (3)SN 6999 药物SN6999具有高AT碱基对选择性，结合在DNA小沟区。它本身具有抗疟药氯喹及其他类似的化合物所具有的能够与DNA嵌插的喹啉环。 通过2D-NMR的方法研究了SN 6999与寡聚序列d(GCATTAATGC)所形成的1：1的络合物在溶液中的细微结构。 结果表明化合物的确结合在小沟区，而且确证了它不像喹啉那样与DNA发生嵌插结合，药物的弯月形曲线正好适合双螺旋的小沟区，像其它沟区结合分子一样与AT碱基对形成氢键。 (4) Hoechst 33258 Hoechst 33258是一种苯并咪唑类分子，被广泛用来作DNA荧光标记。 它具有一定的抗肿瘤活性，对4～5个碱基的Ａ/Ｔ序列有很强的亲和性, 结合在AATC序列的CG部分的末端。 以Hoechst 33258为母体，发展了一批苯并咪唑类分子(例如31，32，33)。通过改变取代基或采用二聚、三聚的形式，可以有效提高分子与DNA的结合性，在这其中氢键起着主要的作用。 例如，头对头的二聚苯并咪唑类分子33既可以与单链的tRNA结合，又可以与双链DNA的Ａ/Ｔ富集区结合；咪唑环的引入，则可以提高与非Ａ/Ｔ富集区的结合性。 （5) Berenil Berenil是一种在DNA小沟区结合的抗锥虫病药。berenil优先结合在至少4个碱基对长度的AT富集区。竞争性反应表明，berenil是比netropsin和distamlycin更弱的结合配基。 对berenil与d(CGCGAATTCGCG)2复合物的x射线衍射研究