上海交大第9章生化(刘建华).分析报告.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 图9.37 EcoRV识别序列的结构。（A）识别序列是围绕轴（绿色）的旋转对称序列。（B）EcoRV识别序列的倒置重复具有二重旋转对称。 限制性核酸内切酶也有相应的对称结构：二聚体酶的两个亚基也是二重旋转对称结构。酶与识别序列结构匹配有助于酶对DNA配体（即底物）的识别。蛋白质与带有识别序列的DNA分子形成的复合物结构证实酶与底物分子结构相似（图9.38）。酶紧紧地拥抱DNAs。 图9.39 EcoRV拥抱DNA底物分子之间形成的氢键。右边EcoRV分子的一个DNA结合环（绿色）与配体DNA分子之间的结合。图B显示与CG碱基对形成氢键的EcoRV酶蛋白分子的氨基酸残基，图C显示与TA碱基对形成氢键的EcoRV酶蛋白分子的氨基酸残基 图9.40 识别位点的扭曲。DNA用球-棒模型表示。DNA双螺旋轴用红线表示。与酶结合发生明显扭曲。B型DNA双螺旋轴是直的(没有绘出)。 图9.41 EcoRV与配体及非配体DNA分子的结合。非配体DNA(橘色)和配体DNA(红色)与EcoRV酶蛋白分子的结合。注意非配体DNA与蛋白质结合因距离太远，无法构建完整的Mg 2+结合位点。 图9.42 与非配体DNA相比，配体DNA与EcoRV的结合能高。配体DNA与EcoRV分子结合多余的结合能（与非配体DNA-EcoRV复合物相比）用于DNA扭曲，从而构建出完整的催化活性位点。 甲基化，无法扭曲。 图9.43 腺嘌呤甲基化。腺嘌呤甲基化阻止EcoRV与配体DNA之间形成氢键，因此阻止了DNA的酶促断裂。 基因水平转移 证据：进化关系疏远的生物，限制酶序列一致性高。 遗传密码与宿主很不相同。 图9.44 II类限制性内切酶的保守核心结构。用颜色重点标出每个酶蛋白二聚体的单一亚基含有形成活性位点区域（蓝色）的四个保守结构元件。 核苷单磷酸激酶催化磷酸基团转移 核苷单磷酸激酶（NMP kinase）用腺苷酸激酶作为代表。这些酶催化核苷三磷酸（NTP，通常是ATP）末端的磷酸基团转移给核苷单磷酸(NMP)的磷酸（图9.45）。NMP激酶的主要挑战是将NTP的磷酸转移给NMP，但不促进磷酸转移给水分子（即NTP水解反应）。利用诱导匹配来解决这个问题。而且，金属离子在这个过程中起关键作用。但是，金属离子与底物而不是与酶蛋白形成复合物。 图9.45 核苷单磷酸激酶转移磷酸基团。这些酶催化磷酸转移反应将核苷三磷酸（此处是ATP）和核苷单磷酸（NMP）转化成两个核苷二磷酸。 图9.46 腺苷酸激酶和鸟苷酸激酶有类似的结构。这些同源的核苷酸激酶及其它相关蛋白中，都有核苷三磷酸结合域。这个结构域中央是一叠b-片层，两边都是a-螺旋（用紫色表示）。还有一个重要的环（用绿色表示）。 图9.47 核苷单磷酸激酶核心域。P-环用绿色表示。虚线表示核心域以外的蛋白质结构。 这个结构域有一个中央b-片层区，两边都是a-螺旋（图9.47）。这个结构域的结构特征是第一个b-链与第一个a-螺旋之间形成的环，典型地有氨基酸序列Gly-X-X-X- Gly-Lys。这个环通常叫P-环，因为这个环与结合核苷酸的磷酸相互作用（图9.48）。 图9.48 P-环与ATP的相互作用。腺苷酸激酶与ATP（黑色）磷酸基团之间的相互作用。注意绿色虚线是ATP与肽链NH基和一个保守Lys相互作用形成的氢键（绿色）。 核苷三磷酸与Mg 2+或Mn 2+形成的复合物是所有依赖于ATP酶的真正底物 动力学指出没有Mg 2+或Mn 2+这些酶没有活性，添加这些离子就有活性。但是，金属离子并不构成这些酶的活性位点（即活性位点没有这些金属离子），而是底物分子与金属离子结合形成复合物是酶的真正底物。ATP- Mg 2+复合物的解离常数是0.1 mM，而典型的胞内Mg 2+浓度是毫摩尔浓度水平。因此在细胞内所有的核苷酸磷酸都是以NTP- Mg 2+复合物的形式存在。 图9.50 与腺苷酸激酶结合的ATP-Mg2+复合物。Mg2+与b-和g-磷的氧原子结合，余下的配位键与四个水分子结合。这些水分子与酶的一些基团相互作用。这些基团包括一个保守的天冬氨酸残基。为清晰起见，删除了其它相互作用。 图9.51腺苷酸激酶的构象变化。ATP与酶蛋白的结合导致酶蛋白构象发生变化。每种结构的P-环用绿色表示。盖子结构域用黄色标出，结合ATP后覆盖在底物上面。 图9.52 含有P-loop NTPase结构域的三种蛋白质。保守结构域的绸带内表面画成紫色，P-loop画成绿