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分子模拟实验作业——甲酸的故事
一、实验部分
1.用GAMESS程序优化甲酸分子、一氧化碳分子和水分子的结构(HF/6-31G(d))
H2O:
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) RHF/6-31G(d,p)
Finish @ energy = -47705.498936 kcal/mol (-76.023615 Hartrees)
HCOOH
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) RHF/6-31G(d,p)
Finish @ energy =-118455.220427 kcal/mol (-188.770566 Hartrees)
CO
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) RHF/6-31G(d,p)
Finish @ energy = -70744.027355 kcal/mol (-112.737877 Hartrees)
E(H2O)= -47705.5kcal/mol
E(HCOOH)= -118455.2kcal/mol
E(CO)= -70744.0kcal/mol
E(反应物)= -118455.2kcal/mol
E(生成物)=- -47705.5kcal/mol -70744.0kcal/mol=-118449.5kcal/mol
2.一个H2O催化的五元环络合物
①络合物结构
图1. 一个H2O催化甲酸解离
的五元环络合物结构图
②络合物能量
------------ GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) RHF/6-31G(d,p)
Finish @ energy = -166164.064457 kcal/mol (-264.799511 Hartrees)
E1=-166164.1kcal/mol
3.一个H2O催化的六元环络合物
①络合物结构
图2.一个H2O催化甲酸解离
的六元环过渡态结构图
②络合物能量
------------ GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) RHF/6-31G(d,p)
Finish @ energy = -166171.296248 kcal/mol (-264.811036 Hartrees)
E2= -166171.3kcal/mol
4.两个H2O催化的七元环络合物
①络合物结构
图3.两个H2O催化甲酸解离
的七元环过渡态结构图
②络合物能量
---------- GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) RHF/6-31G(d,p)
Finish @ energy = -213877.508674 kcal/mol (-340.835787 Hartrees)
E3= -213877.5kcal/mol
5.两个H2O催化的八元环络合物
①络合物结构
图4.两个H2O催化甲酸解离
的八元环过渡态结构图
②络合物能量
----------- GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) RHF/6-31G(d,p)
Finish @ energy = -213887.311389 kcal/mol (-340.851409 Hartrees)
E4= -213887.3kcal/mol
6.甲酸自催化的七元环络合物
①络合物结构
图5.两个H2O催化甲酸解离
的八元环络合物结构图
②络合物能量
------------ GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Minimize (Energy/Geometry) RHF/6-31G(d,p)
Finish @ energy = -236916.531395 kcal/mol (-377.550837 Hartrees)
E5= -236916.5kcal/mol
7.甲酸无催化的结构及能量
拉长C-H和C-O键,减小H-O-C键角
------------ GAMESS Interface ------------
GAMESS Job: Optimize to Transition State RHF/6-31G(d,p)
Finish @ energy = -118363.726456 kcal/mol (-188
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