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第三章 基因组学 基因组学的基本概念 基因组作图 基因组测序 基因表达检测 第一节 基因组学的基本概念 1. 什么是基因组 2. 原核生物基因组 3. 真核生物基因组 4. 人类基因组计划 5. 基因组大小的比较 6. 基因组与基因组学 7. 基因组学的分类 8. 后基因组时代 1. 什么是基因组 　　“基因 (gene)”是丹麦遗传学家Johnson于1909年首次提出，用以代替孟德尔的“遗传因子”概念； 　　“基因组 (genome)” 　　“基因组学 (genomics)”是美国人T. H. Rodehck在1986年7月造出来的，与一个新的杂志 —— genomics一道问世。基因组学完全改变了只能研究单个基因的状况，它着眼于研究并解析生物体整个基因组的所有遗传信息。 　　基因组是生物体内遗传信息的集合，是某个特定物种细胞内全部DNA分子的总和（细胞内细胞器的DNA属于该细胞器的基因组）。 2. 原核生物基因组 原核生物 DNA 分布在整个细胞之中，有时相对集中在类核体上。类核体上的 DNA 是一条共价、闭合双链分子，类核体通常也称为染色体。 原核生物中一般只有一条染色体，原核细胞都是单倍的，这条染色体的 DNA 就是原核细胞的基因组。 3. 真核生物基因组 一个物种的单倍体的各条染色体中的全部DNA为该物种的核基因组 (genome)。例如，人有23对染色体，配子——单倍体是23条染色体，这23条染色体中的全部DNA就是人的核基因组。 真核生物基因组的主要成分被核膜所包裹，与细胞质分开。 2003年4月14日，国际人类基因组宣布：人类基因组序列图 —— “完成图”提前绘制成功； 人类基因组包括24条染色体，约30亿对核苷酸，编码5~6万个基因，人类基因组中携带了有关人类个体生长发育、生老病死的全部遗传信息； 从整体上看，不同人类个体的基因是相同的， “人类只有一个基因组” ； 不同的人可能拥有不同的等位基因，这一点决定了人们个体上的差异。 5. 基因组大小的比较 6. 基因组与基因组学 基因组 (Genome) 就是指生物体染色体、细胞器中所含的全套遗传物质；一种生物全部基因的集合称为“基因组”。 基因组学 (Genomics) 就是研究基因组结构和功能的科学。 7. 基因组学的分类 基因组学可以分为结构基因组学和功能基因组学。 结构基因组学是对基因组物理结构的作图和测序的研究。 功能基因组学是指应用整体的研究技术阐明 这些基因和蛋白的生物学功能。 8. 后基因组时代 人类基因组计划完成之后，生物学被重新划分为前基因组和后基因组两部分。 科学研究已开始进入“后基因组时代 (post-genome era)”。主要是开展蛋白质组的研究。 有科学家形象地说道：即使基因测序全部完成，也只好像是一本没有姓名、只有号码的电话簿。“后基因组时代”的最终目标，是要把深奥的DNA语言变成一本基因大百科全书。 第二节 基因组作图 1. 为何要进行作图分析 2. 限制性作图 3. 基于克隆的基因组作图 4. 指纹作图法 5. 荧光标记原位杂交 6. 序列标签位作图 1. 为何要进行作图分析 基因组计划的基本目标是获得全基因组顺序，在此基础之上再对所获得的序列进行解读。获取基因组顺序的主要方法是进行 DNA 测序，然后再将所获取的顺序进行组装以得到完整的基因组序列。 基因组测序的第一步是构建基因组图，然后将基因组区段分解后逐个测序，最后进行组装。 基因组作图的基本构想：在长链DNA分子的不同位置寻找特征性的分子标记，根据标记将包括这些序列的克隆进行连锁定位，绘制基因组图，该图一旦构建好，即可着手进行全基因组测序。 以基因组作图为指导的 2 种测序策略： 遗传图与物理图 遗传作图(genetic mapping)： 　　采用遗传学分析方法将基因或其他DNA顺序标定在染色体上构建连锁图，故又称为连锁图(linkage map)。 　　这一方法包括杂交实验和家系分析。 　　遗传图距单位为厘摩(cM)，每单位厘摩定义为1%交换率。 物理作图 (physical mapping)： 　　采用分子生物学技术直接将DNA分子标记、基因或克隆标定在基因组的实际位置处。 　　物理图的距离依作图方法而异，如辐射杂种 (radiation hybrid) 作图的计算单位为厘镭(cR)，而限制性片段作图与克隆作图的图距单位为DNA的分子长度，即碱基对 (base pair, bp)。 遗传图谱：又称连锁图谱 (linkage map)，它是以具有遗传多态性（在一个遗传位点上具有一个以上的等位基因，在群体中的出现频率皆高于1%）的遗传标记为“路标”，以遗传学距离（在减数分裂事件中两个位点之间进行交换、重组的百分率，1%的重组率称为1