蛋白质生物信息学详解.ppt

蛋白质鉴定和定性软件 PeptideCutter 预测蛋白切点（蛋白酶切和化合物切割） PROWL Rockefeller and NY Universities 蛋白质化学和质谱数据分析工具 ProteinProspector UCSF 的质谱分析工具集 2. 从DNA到蛋白质工具 DNA与蛋白质互相转换的工具： Translate、transeq 把DNA 翻译为蛋白质 Backtranslation 从蛋白反向变为对应的核酸序列 Genewise 将蛋白质序列与基因组序列比较 FSED 输入可能的ORF序列判定是否存 在读码框漂移错误。 从DNA到蛋白质工具 基因预测软件 GENSCAN /GENSCAN.html HMMGENE http://www.cbs.dtu.dk/services/HMMgene/ GeneID http://www1.imim.es/geneid.html GRAIL （原核常用） http://www2.state.id.us/itd/planning/reports/grail/grail.html 3. 相似性搜索软件 用于从数据库中搜索相似序列 BLAST /blast FASTA 与blast并列的一种比对程序，敏感度比blast高， 但比较耗时。http://www.ebi.ac.uk/fasta/ MPsrch 基于smith-waterman 算法，比BLAST/FASTA 敏感度均高的搜索程序，但运行需要更多时间http://www.ebi.ac.uk/MPsrch/ 。 4. Pattern 及 Profile search 前边在PROSITE 部分已有介绍 5.蛋白翻译后修饰预测软件 ChloroP 叶绿体蛋白定位预测 MITOPROT 线粒体蛋白定位预测 NetOGlyc 哺乳动物蛋白O-GalNAc(粘液素型) 糖基化位点预测 NetNGlyc 人蛋白N-糖基化位点预测 YinOYang 真核蛋白o-beta-GlcNAc 联结位点预测 SignalP 信号肽预测，可用于分泌蛋白预测 6.蛋白定位预测 PSORT 蛋白细胞定位预测 TargetP 蛋白细胞定位预测 蛋白穿模区预测软件： DAS ,PredictProtein，HMMTOP，PredictProtein，TMpred，TMHMM. 其中TMHMM 比较常用。 7. 蛋白一级结构分析软件 ProtParam 计算蛋白的理化性质（氨基酸及原子组成、等电点、消光系数等等） Compute pI/Mw 计算等电点/分子量 REP，REPRO ，Radar 查找蛋白质中的重复序列 预测COIL结构的程序 : Coils,Paircoil,Multicoil 蛋白一级结构分析软件 ProtScale 考察蛋白质氨基酸等级变化。氨基酸等级是对每个氨基酸赋予一个分值，常用的氨基酸等级性质如疏水性/亲水性，电荷性质，二级结构构相参数等级（根据氨基酸在不同二级结构出现的频率高低而定）。如输入序列可以看各部分亲疏水性质的变化。 8 高级结构预测 Jpred 综合的二级结构预测方法 Swiss-Model 基于序列同源的三维结构预测方法。 PredictProtein 为结构预测提交服务器，在该网站可以同时向多个预测服务器提交序列，可以进行二级及三级结构预测。 高级结构预测 目前结构预测程序的准确度，二级结构预测可以达到60-70%左右，三级结构预测在有已知结构的同源序列情况下准确率可以较高，没有任何相关信息的情况下，从头预测的准确率很难保证。 Weblogo 结果 10.生物学文本分析软件 AcroMed Medline 文摘中提取出的缩写与对应全称的数据库 Medminer 自动文本处理器，从文献中自动提取基因与基因相互关系 Protein Annotators Assistant 辅助进行蛋白功能注释 XplorMed 处理medline 的文摘 三、网络资源链接 EXPASY 提供的一些网络资源链接 Amos WWW links 分子生物学站点集合 CMS-SDSC 分子生物学网络资源综合 Biology links from Harvard University Bio