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基于蛋白质序列的蛋白质相互作用位点预测（闲谈版） Fimmu.7 2011-11-23 这个不是论文不是论文啊~~这个是应某某的要求帮他找的，所以都是用现成的免费的网站数据库做的预测分析。无论文为依托，无原理为根据，纯粹就是流连各大网站作个的闲谈。 用这些网站先查查你要研究的蛋白质的底细。 这些网站的数据库大多数是实验或者一些相关文献报道的数据的组成。 ★String http://string.embl.de/ 本人外貌协会的，这个网站太漂亮，放前面…… 输入你要搜寻的蛋白，它就把这个蛋白相关的数据反映给你，分confidence、evidence的数据可信度参考，同时还具有actions选项，反应它们之间可能是激活/抑制的关系。按按+、-号可以扩大缩小关联蛋白的数量范围。 往下拉一点点就是数据,哈哈，我们都要看数据吃饭啊~~ 分析的数据源自Neighborhood、Fusion、Occurrence、Coexpression、Experiments Database、Textminin及Homology，表示点得证明有数据，根据各项数据给出综合评分。评分越高相互存在关系可能性越高。点击下方各项图标等详细看到各项数据内容。 设条件确定筛选范围。 DIP /dip/Main.cgi 跟上面的大同小异的功能，装上它附带的软件可能操作性会好一点，不过我米有试过哦。倒是跟它有链接的几个数据库都很强大，大家可以点击看看。 ★ BIND http://www.bind.ca 文献有介绍的网站，不过我不能理解为什么我注册就注不了……. 继续查，用这些网站将要研究的蛋白质的家庭背景，月收入也大起底。 这里的网站可能跟相互作用方面的关系不大，但是如果知道这些，可以对研究的蛋白有更深的了解。 ★PDB /pdb/home/home.do 要查3D结构就往这里查~通常说的PDB号为文献号末4位。 ★PIR /pirwww/index.shtml 在蛋白质方面如NCBI般强大的网站，去上面晃荡下吧，会有收获滴。 ★KEGG http://www.genome.jp/kegg/ 粉强大的一个网站，我只说说它的KEGG PATHWAY子项，能迅速掌握一个蛋白质的功能通路，对于小白的偶们来说，很有用，有木有。 3、正题正题，做完上面那些后，接着就是纯预测的成分。也因为如此，要找着这些网站是很悲催的一件事。就算你找着了，你不懂语言，不懂算法，到底结果的可靠性怎样，见人见智。 需要PDB号作分析： promate http://bioinfo.weizmann.ac.il/promate/ ppisp /ppisp.html InterProSurf /prosurf.html eF-site http://ef-site.hgc.jp/eF-site/index.jsp 蛋白质序列直接作分析： sppider / 选择第3个基于序列的分析，它会将分析结果E-mail给你。 赠送两个网站…… http://smart.embl-heidelberg.de/ / 参考文献 艾观华等，基于蛋白质序列预测蛋白质-蛋白质相互作用位点研究进展，药物生物技术2011, 18( 2) : 165~ 169 任仙文等，蛋白质相互作用的生物信息学研究进展，生物技术通讯2006，17.6.11 朱新宇等，预测蛋白质间相互作用的生物信息学方法，生物技术通讯200 /wiki/Proteomics/Protein_-_Protein_Interactions/Jena_Links （转）蛋白质相互作用信息的查询 研究一个基因及其编码的蛋白质时，除了一方面了解它们的功能外，另一方面需研究与此蛋白质相互作用的其他蛋白质的信息，以使研究人员能够更加深入地认清相关蛋白质的功能，更清楚地理解其调控机制。下面是与研究蛋白质相互作用相关的数据库应用系统。 STRING数据库(http://string.embl.de/)是一个搜寻已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的系统，这种相互作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用，也包括蛋白质之间间接功能的相关性。它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。所应用的生物信息学的方法有：染色体临近、基因融合、系统进化谱和基于芯片数据的基因共表达。系统中利用一个打分机制对这些不同方法得来的结果给予一定的权重，最终给出一个综合的得分。 用户可以利用基因或蛋白质名称、氨基酸序列来查询相关蛋白质相互作用的信息。在查询的过程中，如果相关的蛋白质名称出现在几个不同的物种中，则数据库系统会将这些物种全部显示出来，用户自己再选择感兴趣的蛋白质进行下一步的查询。所得的结果中会包含有与所查询蛋白质