生物信息学软件使用教材.docVIP

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生物信息学软件的使用(以MC4R基因为例) 从NCBI上查找DNA、mRNA、蛋白质序列 以猪的黑素皮质素受体4(MC4R, melanocortin-4 re-ceptor)基因为例,介绍如何从NCBI上查找DNA、mRNA、氨基酸序列。 首先查找MC4R的DNA序列。 在百度里输入NCBI,打开后得到的结果如下网页: 在Search 栏输入 “MC4R pig”,在下拉菜单里选择Gene,然后点击Search,得到如下结果: 点击第一个ID为397359的链接,得到如下的结果: 可以看到该基因位于猪的1号染色体上,在右下方有个“Go to nucleotide”即进入核酸序列,有三种格式(用红圈标记的),经常用的是“FASTA”和“GenBank”,“FASTA”格式的比较简洁,不包含任何的数字,就全部是碱基,序列的对比和分析是就要用到这种格式;而“GenBank”格式就比较详细,可以查看到很多信息,比如碱基数、mRNA序列、内含子、外显子、CDS,以及氨基酸序列等等之类的。点击GenBank后得到如下结果: Sus scrofa breed mixed chromosome 1, Sscrofa10.2 DNA LOCUS NC_010443 2265 bp DNA linear CON 29-SEP-2013 DEFINITION Sus scrofa breed mixed chromosome 1, Sscrofa10.2. ACCESSION NC_010443 REGION: complement(178553488..178555752) GPC_000000583 VERSION NC_010443.4 GI:347618793 DBLINK BioProject: PRJNA28993 Assembly: GCF_000003025.5 KEYWORDS RefSeq. SOURCE Sus scrofa (pig) ORGANISM Sus scrofa Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Suina; Suidae; Sus. COMMENT REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CM000812.4. On Oct 11, 2011 this sequence version replaced gi:333795951. Assembly Name: Sscrofa10.2 The genomic sequence for this RefSeq record is from the genome assembly released by the Swine Genome Sequencing Consortium as Sscrofa10.2 in August 2011 (see http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_scrofa). Sscrofa10.2 is a mixed assembly of clones and contigs from the whole-genome shotgun project AEM1. ##Genome-Annotation-Data-START## Annotation Provider :: NCBI Annotation Status :: Full annotation Annotation Version :: Sus scrofa Annotation Release 104 Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome ann

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