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生物信息学软件的使用(以MC4R基因为例)
从NCBI上查找DNA、mRNA、蛋白质序列
以猪的黑素皮质素受体4(MC4R, melanocortin-4 re-ceptor)基因为例,介绍如何从NCBI上查找DNA、mRNA、氨基酸序列。
首先查找MC4R的DNA序列。
在百度里输入NCBI,打开后得到的结果如下网页:
在Search 栏输入 “MC4R pig”,在下拉菜单里选择Gene,然后点击Search,得到如下结果:
点击第一个ID为397359的链接,得到如下的结果:
可以看到该基因位于猪的1号染色体上,在右下方有个“Go to nucleotide”即进入核酸序列,有三种格式(用红圈标记的),经常用的是“FASTA”和“GenBank”,“FASTA”格式的比较简洁,不包含任何的数字,就全部是碱基,序列的对比和分析是就要用到这种格式;而“GenBank”格式就比较详细,可以查看到很多信息,比如碱基数、mRNA序列、内含子、外显子、CDS,以及氨基酸序列等等之类的。点击GenBank后得到如下结果:
Sus scrofa breed mixed chromosome 1, Sscrofa10.2 DNA
LOCUS NC_010443 2265 bp DNA linear CON 29-SEP-2013
DEFINITION Sus scrofa breed mixed chromosome 1, Sscrofa10.2.
ACCESSION NC_010443 REGION: complement(178553488..178555752) GPC_000000583
VERSION NC_010443.4 GI:347618793
DBLINK BioProject: PRJNA28993
Assembly: GCF_000003025.5
KEYWORDS RefSeq.
SOURCE Sus scrofa (pig)
ORGANISM Sus scrofa
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi;
Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Suina; Suidae;
Sus.
COMMENT REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to
CM000812.4.
On Oct 11, 2011 this sequence version replaced gi:333795951.
Assembly Name: Sscrofa10.2
The genomic sequence for this RefSeq record is from the genome
assembly released by the Swine Genome Sequencing Consortium as
Sscrofa10.2 in August 2011 (see
http://www.sanger.ac.uk/Projects/S_scrofa). Sscrofa10.2 is a mixed
assembly of clones and contigs from the whole-genome shotgun
project AEM1.
##Genome-Annotation-Data-START##
Annotation Provider :: NCBI
Annotation Status :: Full annotation
Annotation Version :: Sus scrofa Annotation Release 104
Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome ann
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