第九章基因组学教材.ppt

第十三章 基因组学 第一节 基因组学概述 基因组学(genomics)是遗传学研究进入分子水平后发展起来的一个分支，主要研究生物体全基因组(genome)的分子特征。 基因组学强调的是以基因组为单位，而不是以单个基因为单位作为研究对象。 基因组学的研究目标: 1. 获得生物体全部基因组序列。 2. 注解基因组所含的全部基因。 3. 鉴定所有基因的功能及基因间相互作用关系。 4. 阐明基因组的复制及进化规律。 1986年首次提出基因组学(Genomics)的概念。基因组计划研究开始于1990年，美国国立卫生研究院(NIH)和能源部(DOE)联合启动了被誉为“人体阿波罗计划”的“人类基因组计划”(human genome project，HGP)。 美国提出人类基因组计划后，英、法、日、俄、中等，也相继启动了类似项目。 2000年6月26日，各国科学家公布了人类基因组工作草图。 2001年8月26日，人类基因组计划中国部分测序项目汇报及联合验收会在京召开，标志人类基因组“中国卷”通过验收。 1992年8月，中国根据国情正式宣布实施自己的“水稻基因组研究计划” 2002年4月5日，《Science》以14页的篇幅刊登和宣布中国科学家独立绘制完成的水稻基因组草图序列。 水稻全基因组物理图 C值：一个单倍体基因组 中DNA的总量。一个特 定的种属具有特定的C值 C值悖理：物种的C值和 它的进化复杂性之间无 严格对应关系的现象。 N值：生物体所含有的基因数目。 N值悖理：复杂性不同的生物种属所具有的基因数目与其生物结构的复杂性不成比例的现象。水稻基因数约4万个, 人类基因总数约3万个。 基因组学的研究内容 结构基因组学：通过基因作图、核苷酸序列分析确定基因组成、进行基因定位的科学。 功能基因组学(后基因组学)：利用结构基因组所提供的信息和产物，研究基因组功能表达的一门分支学科。基因的识别、鉴定和克隆，基因结构与功能及其相互关系，基因表达调控 基因组学的重要组成部分是基因组计划，如人类、水稻基因组计划，大体可分为： 1.构建基因组的遗传图谱； 2.构建基因组的物理图谱； 3.测定基因组DNA的全部序列； 4.构建基因组的转录本图谱； 5.分析基因组的功能。 第二节 基因组图谱的构建 在进行大规模序列测定之前，构建基因组图谱,作为序列测定中制定测序方案的依据，以便先重后轻地分析基因，锚定测知的核酸序列在染色体上的位置。 在人类基因组计划实施中，首先用了6年时间构建高密度的基因组图谱，然后才进入测序工作。 一、遗传图谱构建 遗传作图：采用遗传学分析方法将基因或其他DNA顺序标定在染色体上构建连锁图。 1、图谱标记 形态标记：主要指可以观察到的一些性状,如种皮颜色、眼色、株高等。 细胞学标记：能明确显示遗传多态性的细胞学特征。染色体的结构特征和数量特征是常见的细胞学标记。 生化标记：主要是同工酶及种子贮藏蛋白,有时又称蛋白质标记。 分子标记：主要指DNA水平上的标记。RFLP, RAPD,SSR,STS,AFLP,CAPS,SNP。 2、遗传图谱的构建 人类基因组遗传图谱的构建 人类的遗传图谱是利用家系分析法，在对8个家系的134个成员的分析中，主要根据5264个STR标记绘制而成的。利用这些家系的资料绘制第1至22号染色体图谱。对于X染色体图谱，还利用了来自另外12个家系，170个成员的资料绘制而成。将5264个标记定位在2335个位点，据此构建的人类基因组遗传图谱的密度为每个标记599 kb。 植物基因组遗传图谱的构建 选择亲本 产生构图群体 遗传标记的染色体定位 标记间的连锁分析 1994年绘制的第一张水稻,高密度遗传图谱仅有927个位点，含有1383个标记。 1998年将2275标记定位到1157个位点上。 2000年最终的水稻高密度遗传图标记为3267个，用于指导水稻基因组测序。 二、物理图谱 由于遗传图谱的分辨率有限、精确性不 高，所以还要构建物理图谱 基因组物理图谱的构建 主要有4种途径： ① 限制酶作图：比较不同 限制酶产生的DNA片段的大小 酵母第3染色体遗传图（A）与物理图（B） ② 基于克隆的基因组作图：根据克隆的DNA片段之间的重叠顺序构建重叠群 (contig), 绘制物理连锁图。 重叠群：相互重叠 的DNA片段组成的 物理图。克隆重叠 群的组建采用染色 体步移法。 ③ 荧光标记原位杂交(FISH)： 将荧光标记 的探针与染 色体杂交确 定分子标记 所在位置的 方法。 ④ 顺序标签位点(STS)： STS是长度在100～500 bp的DNA顺序，每个基因组仅1份拷贝，很易分辨。