蛋白质结构与功能实验课说课.pptVIP

基因本体（Gene Ontology，GO）数据库旨在建立注释基因和蛋白质知识的标准词汇体系，涵盖基因细胞组分（cellular component）、分子功能（molecular function）、生物学过程（biological process）3方面信息。 2.1 Blast ：序列比对，得到同源蛋白 BLAST是基本局部比对搜索工具（basic local alignment search tool）的缩写。 是对生物不同蛋白质的氨基酸序列或不同的基因的DNA序列极性比对。并从相应数据库中找到相同或相似序列。 同源性(homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。说A和B的同源性为80％都是不科学的。 相似性(similarity)： 是指一种很直接的数量关系。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。 序列的相似性和序列的同源性有一定的关系，一般来说序列间的相似性越高的话，它们是同源序列的可能性就更高，所以经常可以通过序列的相似性来推测序列是否同源。 正因为存在这样的关系，很多时候对序列的相似性和同源性就没有做很明显的区分，造成经常等价混用两个名词。所以有出现A序列和B序列的同源性为80％一说。 2.2 ProtParam：蛋白质理化性质分析 ProParam是计算氨基酸理化参数常用的工具，提供计算蛋白质的分子量、理论等电点、氨基酸组成、原子组成、消光系数（extinction coefficient）、半衰期、不稳定系数、脂肪系数和总平均疏水性（GRAVY）等。 消光系数—反映了蛋白在特定波长下吸收可见光或不可见光的能力，可用来测蛋白浓度 不稳定系数—预测对应蛋白质在试验中稳定性。 小于40时，预测蛋白稳定 大于40时，预测蛋白不稳定 脂肪系数—计算球状蛋白脂肪族氨基酸侧链所占相对体积，反映了蛋白质的热稳定性。 2.3 ProtScale 蛋白质亲疏水性分析 蛋白质亲疏水性氨基酸的组成是蛋白质折叠的主要驱动力。蛋白质折叠时会形成疏水内核和亲水表面，同时在潜在跨膜区出现高疏水值区域，据此可以测定跨膜螺旋等二级结构和蛋白质表面氨基酸的分布。 TMpred为EMBnet 开发的在线分析蛋白质跨膜区软件. /software/TMPRED_form.html 它基于对TMbase数据库的统计分析来预测蛋白质跨膜区和跨膜方向。 SignalP:预测蛋白质序列中信号肽的剪切位点 http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ 信号肽作用：引导新合成的蛋白质进入内质网腔．而信号肽序列则在信号肽酶的作用下被切除 。 信号肽结构：信号肽位于分泌蛋白的N端。一般由15～30个氨基酸组成。包括三个区：一个带正电的N末端，称为碱性氨基末端；一个中间疏水序列．以中性氨基酸为主，它是信号肽的主要功能区；一个较长的带负电荷的C末端，含小分子氨基酸，是信号序列切割位点．也称加工区。 SignalP的功能是预测给定的氨基酸序列中是否存在潜在的信号肽剪切位点及其所在，原核生物和真核生物都可以进行预测。 预测结果 三、蛋白质二级结构分析 蛋白质二级结构是指氨基酸残基形成的α-helix、β-sheet、coil和motif等组件 常用软件：PSIPRED http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ 四、蛋白质结构域与功能分析 结构域（domain）是蛋白质序列功能、结构和进化的单元，通常由50-300个氨基酸组成，有空间构象特异性。 4.2 Prosite（/) Protsite数据库是基于对蛋白质家族中同源序列多重序列比对得到的保守性区域，这样区域通常与生物学功能有关，例如酶的活性位点、配体或金属结合位点等。 Prosite数据库实际上是蛋白质序列功能位点数据库。通过对Prosite数据库的搜索，可判断该序列包含什么样的功能位点，从而推测其可能属于哪一个蛋白质家族。 理论模式 [IV]-{K}-[TACI]-Y-[RKH]-{E}-[LM]-L-[DE] I - A - T -Y- R - K – L -L- E 实际序列 Examples : [AC]-x-V-x(4)-{ED}This pattern is translated as: [Ala or Cys]-any-Val-