肿瘤基因检测竞争产品说课.ppt

北京华大基因研究中心 偏重科学研究服务 水稻基因组计划 家蚕基因组计划 家鸡基因组计划 肿瘤相关临床检测项目只有2项 EGFR基因突变检测 1、通过PCR反应扩增18-21四个外显子核苷酸片段。 2、对PCR反应产物进行直接双向测序。???? 3、检测结果提供完整序列信息。 北京华大基因研究中心 K-ras基因突变检测 飞行时间质谱（?MALDI-TOF?MS?/MassArray）检测方法 质谱法是将被测物质离子化，按离子的质荷比分离，测量各种离子谱峰的强度而实现分析样品的一种分析方法。 离子源：基质辅助激光解吸离子化（MALDI） 将溶于适当基质中的样品涂布于金属靶上，用高强度的紫外或红外脉冲激光照射可实现样品的离子化。用于可达10万Da质量的大分子分析。 质量分析器：各种离子的飞行时间与质荷比的平方根成正比。 灵敏度：5% 快速、廉价 北京华大基因研究中心 1999年成立，历史长 参与国际人类基因组计划 1% 项目 专注基因组计划，而非针对肿瘤基因。 采用科研的技术、科研思路，不满足临床需求。 吴阶平医学基金会分子医学中心 经营理念：医学病理中心 主营业务：多种疾病（含非肿瘤）病理学检验项目。 检测基因：EGFR,HER2,KRAS,C-kit, P53,TYMS,DPD,XRCC1,UGT1A1,TMPT 检测技术：FISH，PCR，DHPLC，测序等 样本要求：新鲜样本，蜡块，切片，骨髓等 合作模式：服务 厂家：基因科技（上海）有限公司 检测范围：基因突变检测，如K-ras、B-raf、EFGR等 检测原理：焦磷酸测序技术 检测步骤： 第1步：1个特异性的测序引物和单链DNA模板结合，然后加入酶混合物(包括DNA Polymerase、ATP Sulfurylase、Luciferase和Apyrase)和底物混合物(包括APS和Luciferin)。 第2步：向反应体系中加入1种dNTP，如果它刚好能和DNA模板的下一个碱基配对，则会在DNA 聚合酶的作用下，添加到测序引物的3’末端，同时释放出一个分子的焦磷酸(PPi)。 第3步：在ATP硫酸化酶的作用下，生成的PPi可以和APS结合形成ATP；在荧光素酶的催化下，生成的ATP又可以和荧光素结合形成氧化荧光素，同时产生可见光。通过CCD光学系统即可获得一个特异的检测峰，峰值的高低则和相匹配的碱基数成正比。 第4步：反应体系中剩余的dNTP和残留的少量ATP在Apyrase的作用下发生降解。 第5步：加入另一种dNTP，使第2－4步反应重复进行，根据获得的峰值图即可读取准确的DNA序列信息。? 以科研检测为主营业务的公司 检测范围较窄，不涉及基因表达检测 灵敏度低，样本中突变细胞的含量需达到10%以上，方可有效检测 基因突变仅为定性检测 测序长度太短，因此只能用于旨在发现SNP的基因分型研究当中 北京金菩嘉医疗科技有限公司 检测范围： HER-2、EGFR等基因扩增检测 检测原理： FISH（荧光原位杂交） 基本检测流程 探针的设计 探针所覆盖的染色体片断总长可达100Kb-400Kb 样本的制备 悬浮样本细胞，进行老化，样本DNA变性，探针预热 原位杂交 37℃孵育6-24小时，杂交后冲洗 检测结果的观察 探针信号的强度：信号应该明亮、清晰和容易分辨。信号是明亮紧凑的卵圆形或纤维状，弥散的卵圆形 背景：背景应该是黑色，没有粒状或是朦胧的荧光 选择最好的视野区，计数细胞核 计数扫描： 用40倍或63倍的物镜，从选择区域的左上开始计数，从左往右，计数中期扩展和间期核边缘的信号数。依据荧光信号的计数结果，结合染色体计数标准作出正确的诊断。 HER2结果正常图 HER2结果异常图 FISH对检测的条件要求很高。 检测过程中的温度、试剂的酸碱度，反应的时间都会对结果产生影响。因此在操作中应特别注意。 操作熟练，迅速，各步骤时间控制准确 需要较高水平的检测人员进行数据判读 属于定性检测 成本/价格较高 EGFR结果正常图 EGFR结果异常图 厂家：广州益善生物技术有限公司 检测项目：EGFR基因突变 KRAS基因突变 ERCC1基因表达…… 检测方法：采用液相芯片 具体步骤：去除野生型EGFR基因序列后，对突变型EGFR基因序列进行富集；富集的突变序列与偶联在荧光微球上的特异探针进行杂交，其中不同荧光微球偶联了不同的特异探针；杂交后的微球经液相芯片阅读分析。 原理： 与广州益善优势对比： ①我们的Real-time PCR技术是一个成熟的技术平台，而益善用的技术是一个新的技术。 Re