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组学分析策略 组学分析 基因组 有参考序列的基因组 无参考序列的基因组 转录组 数字基因表达谱( DGE ) 转录组(RNA‐Seq) Small RNA 测序 降解组测序 蛋白组 代谢组 基因组 结构基因组学 基因定位 基因组作图 测定核苷酸序列 功能基因组学 基因的识别、鉴定、克隆 基因结构、功能及其相互关系 基因表达调控的研究 基因组 有参考基因组物种 个体基因组再测序。 多种品系基因组重测序。 群体遗传学分析。? 图谱构建与家系连锁分析。 全基因组关联分析。 基因组重测序开发新标记。 简化基因组重测序开发新标记。 基因组 野生大豆基因组—第二个大豆基因组 野生大豆与栽培大豆的进化关系 多种品系基因组重测序 核心种质资源资源是育种家最为宝贵的财富。通过对核心种质资源进行重测序，可以实现： 核心种质资源数据库（分子标记，材料间聚类关系）； 研究与品种优良性状相关的分子机制。 玉米重测序 玉米重测序 基因组 无参考基因组物种 基因组 de novo测序。 简化基因组 de novo测序开发SNP标记。 SNP分型构建遗传图谱。 已发表植物基因组物种信息 已发表动物基因组物种信息 已发表动物基因组物种信息 基因表达研究进入数字时代 数字基因表达谱DIGITAL GENE EXPRESSION PROFILLING 数字基因表达谱DIGITAL GENE EXPRESSION PROFILLING 数据分析流程 数字基因表达谱DIGITAL GENE EXPRESSION PROFILLING 基本特点 　　测量准确度高 　　通量高 　　可重复性高 独特优势 　　无需重复实验 　　检测低丰度基因 　　检测新转录本 　　检测反义链转录本 　数字基因表达谱ＶＳ基因芯片 检测率达98%(多少基因含CATG位点) 21bp Tag能唯一检测多少基因 转录组分析 RNA‐Seq RNA‐Seq RNA‐Seq数据分析流程 Why RNA‐Seq? ? Redefine gene structure ? Detect alternative splicing ? Detect novel transcripts RNA‐Seq 可变剪接形式 RNA‐Seq Small RNA 分析 　　　　　分析流程 　　　　流程 cDNA文库构建 测序 比对到参考序列 RNA‐Seq 新转录本 可变剪接 融合基因 * * 个体基因组再测序 对于已测序的重要经济物种和模式物种的野生种、突变种或亚种进行基因组测序。 策略： 1. 近缘物种的de novo ；2.全基因组重测序+de novo。 1.基因组de novo组装；近缘物种进化分析； 2.序列比对+ de novo组装；SNP、插入/缺失和结构变异鉴定；进化分析。 栽培大豆基因组—第一个大豆基因组 Genome sequence of the paleopolyploid soybean. Nature, 2010, 463:178-183. 美国农业部 美国联合基因组研究中心 华盛顿大学 美国普渡大学等 研究目的 大豆基因组测序 GS≈1.1Gb（2n=40） 实验设计 研究材料： 栽培大豆 Glycine max var. Williams 82 测序策略： 建库3?kb,? 8?kb, fosmid??及?BAC； Sanger：6.5X 研究结果 1. 组装：contigN50：189.4?Kb;? scaffoldN50：47.8?Mb ；锚定染色体上。 2. 46,430个蛋白编码位点，283个豆科特有基因家族。 3. 两次基因组复制事件：5900万年前和1300万年前。 4. 结瘤基因：28个结瘤基因和24个关键调控基因。 5. 控油基因：脂类代谢相关基因远多于拟南芥，大豆具有更复杂的转录调控。 Whole-genome sequencing and intensive analysis of the undomesticated soybean (Glycine soja Sieb. and Zucc.) genome. PNAS, 2010. 107: 22032-22037 . 韩国首尔大学 韩国生命工学研究院 研究目的 野生大豆与栽培大豆基因组比较。 实验设计 研究材料： 野生大豆G. soja IT182932植株纯合型。 测序策略： 454+Solexa 序列比对+ de novo 组装。 研究结