川芎根茎RNA提取及转录数据初步分析.docVIP

川芎RNA的提取以及其转录组分析研究 摘要 川芎(Ligusticum chuanxiong Hort)为伞形科(Umbelliferae)藁本属多年生植物，四川省为其道地产区。干燥根茎,具有行气活血,祛风止痛之功效ligustrazine and ferulic acid, which inhibit cell apoptosis and hypertrophy, eradicate free radicals, alleviate Ca2+ loading, protects vascular endothelial cells, expands vessels, moderate immune system, prohibit platelet aggregation and affect the expressions of multiple cell factors. Using Chuanxiong rhizome as specimen, its RNA is extracted and the quality of RNA extraction is afterwards evaluated, following by RNA-seq so as to proceed to preliminary analysis with gathered data, which provides fundamental insights into secondary metabolism as well as growth and development. Key words: Ligusticum chuanxiong Hort, RNA extraction, RNA-seq, analysis 目录 第一章 绪论 1.1 川芎及其药性 1.2 RNA提取技术及电泳鉴定 1.2.1 植物RNA的提取原理和容易出现的问题 1.2.2 RNA的提取方法 1.2.3 RNA样品的质量检测 1.3 转录组及转录组测序技术 1.3.1 转录组简介 1.3.2 测序技术的进展 1.3.3 高通量测序和RNA-seq（转录组测序） 1.3.4 测序技术在植物转录组研究上的应用 1.4 基于RNA-seq的转录组生物信息学分析 1.4.1 测序评估 1.4.2 基因注释表达 1.4.3 简单重复序列(SSR)标记分析 1.5 研究目的与内容 1.5.1 研究目的与意义 1.5.2 研究内容 川芎根茎RNA提取与质量评估 2.1 试验样品的选择 2.2 RNA提取 2.2.1 试剂 2.2.2 RNA提取操作方法 2.3 RNA质量评估 2.3.1 电泳方法 2.3.2 电泳结果分析 RNA测序与数据分析 3.1 测序数据处理 3.1.1 序列组装 3.1.2 Unigene数据库构建 3.2 简单重复序列分析(SSR)搜索及分析 3.3 利用COG数据库的基因功能分析 绪论 1.1 川芎及其药性 川芎(Ligusticum chuanxiong Hort)为伞形科(Umbelliferae)的多年生植物，藁本属。其产地主要有四川、云南、贵州、广西、湖北等。川芎的别名有香果、京芎、马衔、芎藭、雀脑芎、贯芎等。川芎根茎干燥后可入药，能够活血行气，祛风止痛。川芎嗪和阿魏酸为其主要药效成分，能抑制细胞凋亡和细胞过度肥大、清除氧自由基、减轻Ca2+超载、保护血管内皮细胞、扩张血管、调节免疫状态、抗血小板聚集和血栓形成和影响多种细胞因子的表达等。另外，其根茎还有酚酸类和内酯类化合物，具有镇静、镇痛、抗氧化、保护心脑血管、抗菌、抗放射等多方面药理活性。同时，近年来的研究成果揭示出含有川芎的复方制剂具有抗帕金森病活性的功效。鉴于此，针对川芎中有效成分的分离提取及结构鉴定的研究对于开发新型药物有积极的意义，这样能将其要用价值转化为商用价值。 1.2 RNA提取方法 1.2.1 植物RNA的提取原理和容易出现的问题 植物细胞的RNA有细胞核RNA、细胞质RNA、和细胞器RNA。其中细胞核RNA主要为细胞质RNA的前体及小分子细胞核RNA(snRNA)、染色质RNA(chRNA)等。细胞器里的RNA主要包括线粒体RNA及叶绿体RNA；细胞质RNA有mRNA、rRNA、tRNA。这些RNA构成了细胞的总RNA。在这其中，含量最多的rRNA占了80％左右。基因转录的产物mRNA在总RNA中所占份额很小，约1％至5％。不同的mRNA的分子序列各不相同，在转录水平层面和核算序列构成方面不同的RNA都存在着差异。但相同的是，真核细胞mRNA 的3ˊ末端都具有20～200个不等的多聚腺苷酸组成的尾，称为poly(A)结构。