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第九章 动物基因组学基础 基本概念 遗传标记（Genetic Markers）：是指能够用以区别生物个体或群体及其特定基因型，并能稳定遗传的物质标志。 遗传多态性（Genetic Polymorphisms）：是指一个基因座位在群体中存在两个或更多类的等位基因的现象。 标记辅助选择（Marker-assisted Selection, MAS）：就是对特定的主效基因（major gene）或者数量性状位点（Quantitative Trait Loci, QTL）在遗传标记的辅助下区分其基因型，并在此基础上应用于家畜的育种实践。 第一节 动物遗传标记 一、遗传标记的发展 形 态 学 标 记——毛色、冠型、体型 细胞遗传标记——染色体核型、带型 生化遗传标记——血型、蛋白质型 分子遗传标记——基因、非基因 二、分子遗传标记 RFLP——限制性片段长度多态性 VNTR——可变串联重复序列 S T R——短串联重复序列 RAPD——随机扩增多态性DNA AFLP——扩增片段长度多态性 S N P——单核苷酸多态性 mtDNA——线粒体DNA 理想的分子遗传标记应具备的特点 遗传多态性高 检测手段简单快捷 易于实现自动化 遗传共显性 1、RFLP 最早的DNA标记 两个个体间由于序列的变异造成增加或缺失一个限制性酶切位点，从而产生不同的酶切结果 限制性酶切位点：被特定的内切酶所识别的4个或更多个碱基组成的特异性序列 除了某些病毒以外，限制性内切酶只在原核生物中被发现限制性内切酶的主要功能是保护细菌不受噬菌体的感染。甲基化酶修饰可保护细胞自身的DNA不被限制性内切酶破坏。 RFLP 标记鉴定方法 提取不同个体或群体的DNA 酶切，基因组被切成大小不等的DNA片段 电泳，将大小不等的DNA片段分离 Southern 杂交 探针必须含有酶切位点的区域 RFLP 分析过程 RFLP 分析结果 RFLP 标记的特点 可靠——重现性好 目的序列已知时才能检测 操作复杂——自动化程度低 耗时长——至少需要2天，通常3-7天 多态信息含量低——人类基因组大约含有 60,000 RFLPs PCR-RFLP 2、VNTR 在酶切片段里边核心序列重复次数不同导致酶切片段长度的差异 又称为DNA指纹 与 RFLP 分析方法类似，利用探针杂交检测 区别在于酶切位点不在可变重复区，而在侧翼区 VNTR 分析过程 VNTR 检测结果 VNTR 标记的特点 多态性检测率高——一个探针可以检测出十几个甚至几十个位点的多态信息 位点呈共显性遗传 个体具有高度特异性 技术复杂，实验成本高 有时谱带过于复杂，难于分辨 VNTR 应用 计算遗传距离 杂种优势预测 亲子鉴定 - 1/10000 (99.99% likely) 法医鉴定 - 1/10,000,000 DNA杂交过程 3、STR 以PCR为基础的DNA标记 要求重复片段侧翼区的序列已知 侧翼区序列往往高度保守 可以用测序加以证实 也叫微卫星标记 STR 标记检测方法 需要根据保守的侧翼序列设计特异性扩增引物 PCR 反应扩增 STR 区域 PCR产物用变性聚丙烯酰胺胶分离 不同的核心序列重复数导致不同长度的PCR产物 STR 分析 STR 分析 STR 标记特点 核心重复单位为 2 - 6 个碱基 在基因组中分布更加广泛均匀 多态信息含量丰富 呈共显性遗传 稳定性好，分析技术易于自动化 STR 标记特点 比Southern杂法更快捷 DNA用量少 甚至部分降解的样品也可用于检测 易受基因组污染的影响 必须事先了解侧翼序列才能设计引物 标记开发成本较高。 4、RAPD 随机扩增多态性DNA 应用10 bp 的引物进行PCR 每个反应只设单条引物 短的引物随机结合在染色体上 当引物结合在双链1000bp左右的区域时，该片段被扩增 RAPD 检测结果 RAPD 标记特点 PCR反应产物通过电泳分离：不同样品间可能存在差异 主要用于分析群体间的遗传距离 引物短，不同生物基因组可以共用一套引物 实验快速简便，成本低，无需预先了解基因组DNA序列 退火温度低，实验重复性差，可比性不强 标记呈显隐性遗传，无法判定杂合子和显性纯合子 扩增过程 5、AFLP 基于PCR技术扩增基因组DNA限制性片段。基因组DNA先用限制性内切酶切割，然后将双链接头连接到DNA片段的末端，接头序列和相邻的限制性位点序列，作为引物结合位点，进行扩增。 它结合了RFLP和PCR技术特点，具有RFLP技术的可靠性和PCR技术的高效性。 AFLP可在一次单个反应中检测到大量的片段。所以是一种新的而且有很大功能的DNA指纹技术。 6、SNP SNPs 标记特点