Rasmol作業範例.docVIP

Rasmol 作業說明 先找到有complex(表示有protein and ligand)的PDB file. 我們藉由酵素分類網站 (/enzyme/)或以BLAST (/software/bBLAST.html)，選擇幾種相似的序列。 我們再將這些序列做多重序列的比對，然後列出不變區氨基酸的名稱。(盡量使不變區氨基酸的比例在10%左右) 統計出不變區氨基酸的出現頻率。 以Rasmol繪出不變區的位置並以綠色標示(可以將GLY及CYS忽略)。 將你認為是重要的區域放大並以stick方式呈現。 說明不變區的位置與酵素活性位置的關係。 再做一次分類演化樹的圖看是否比第一次的作業好。 有空寫上心得。 Rasmol 作業範例 Enzyme name ：Alcohol dehydrogenase (酒精去氫酶) EC Number: PDB ID: 7ADH Source: Equus caballus (下面的最後一條序列) 分析的蛋白質說明 Enzyme name ：Alcohol dehydrogenase (酒精去氫酶) EC Number: PDB ID: 7ADH (SOURCE HORSE (EQUUS CABALLUS) LIVER 馬的肝臟) 酒精脫氫酶大部分存於動物肝細胞中，其功能在於酒精之解毒作用（detoxication），也存於某部分細菌中，如酵母菌（yeast），其功能是協助進行厭氧狀態下（anaerobic）之酒精發酵作用（alcohol fermentation）以提供細胞基本能量之需求，酒精脫氫酶可從動物肝臟中萃取分離，經純化後，其三度空間之蛋白質結構經X-射線結晶法（X-ray crystallography）已經解析清楚，是目前在研究酵素結構中，一種了解最多的蛋白質。 酵素反應 酒精脫氫酶（簡稱ADH）是利用細胞內丙酮酸（pyruvate）經丙酮酸去羧化酶（pyruvate dehydrogenase , PDC）所產生的乙醛（acetaldehyde）轉化為酒精（ethanol , 乙醇），其中需要菸鹼醯胺腺嘌呤二核苷酸（NADH , 輔酶Ⅰ）為輔酶，並放出二氧化碳CO2 。至於在人體中喝酒之後的代謝反應則是相反過來，透過ADH將酒精代謝為乙醛，如下圖： 再將乙醛以acetaldehyde dehydrogenase轉化為無毒的乙酸 列出以T-Coffee多重序列比對ADH的結果 Human(人)，Zymomonas(產酒精菌)，Pongo(紅毛猩猩)，Yeast(酵母菌)，Chicken(雞)，ECOLI(大腸桿菌)及7ADH(馬) 7ADH總序列長374氨基酸，保留氨基酸(*)40個(10.7%)(統計出保留氨基酸(*)的數量及佔整蛋白質之比例) 不變區氨基酸的序列及名稱 10 11 12 35 39 46 49 66 67 68 71 73 77 79 80 86 97 98 100 103 K A A E K C D G H E G V G G V G C G C C 111 132 151 174 178 183 192 196 199 200 201 204 232 236 237 261 287 290 293 311 C C V C T A G A G L G G A G A G G V G G 320 339 356 G K N 繪出7ADH蛋白質、保留氨基酸(不包括G)區域及非胺基酸之分子 繪出可能活性區之局部放大圖 說明不變區的位置與酵素活性位置的關係(此部份省略自行補上) 分類演化樹圖 心得與結論：