Chapter04基因组序列的功能课程.ppt

1. 研究转录物组 （1）基因表达系列分析（SAGE） 鉴定细胞中的全部mRNA 的相对丰度。 ③ 把cDNA序列与基因组序列比较 ① 把 mRNA 转为 cDNA ② 把 cDNA 文库中的每个克隆都测序 转录物组学(transcriptomics )： 是一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科. 基因表达系列分析(SAGE) 12-bp 短序列足够特异 412 = 16 777 216 bp Bsm FI切割 10–14 bp的下游. 5′-AGCT-3′ 从每个cDNA末端释放平均长度 12 bp （2） 基因芯片 cDNA DNA 2. 研究蛋白质组 研究一个细胞中全部蛋白质的技术。 （1）蛋白质组学 ① 蛋白质电泳 第一向: 区分分子量的标准电泳 第二向: 区分电荷的标准电泳 双向凝胶电泳: ② 质谱 鉴定蛋白质点的性质. 基质辅助激光解吸飞行时间质谱 (MALDI-TOF): 质荷比 （Mass-to-charge ratio）分析分子量，然后推导氨基酸组成 （2）鉴定蛋白质的相互作用 如果知道位置蛋白与某个已知蛋白相互作用的话，就能推测其功能。 ① 噬菌体展示 噬菌体展示文库: 将未知基因与噬菌体表面蛋白融合，表达到噬菌体表面 ② 酵母双杂交系统 （3）蛋白质相互作用图 画出蛋白质组中所有组分的相互作用图。 ①细菌 Helicobacter pylori: 画出了1200 个相互作用 (占蛋白质组的一半） ② 酵母 1870 个蛋白之间的2240个相互作用 The yeast protein interaction map. Red dots are essential proteins orange lead to slow growth yellow dots are not known green dots are non-lethal 四、比较基因组学 1. 通过比较基因组学作图 对一个物种的基因组的了解，可以帮助了解其他物种的基因组. 亲缘关系近的生物的基因组相似. ①同线型 （Synteny） 不同生物的基因顺序的部分或者完全保守 小麦: 16 000 Mb 水稻: 430 Mb 禾本科基因组 河豚鱼 : 400Mb 基因数目相同 人 : 3500Mb 可以根据小基因组中的基因顺序来寻找和发现大基因组的基因 2. 比较基因组学研究人类疾病 人疾病基因 酵母同源物 酵母基因的功能 肌萎缩性脊髓侧索硬化 SOD1 分解超氧化物的蛋白质 共济失调毛细血管扩张 TEL1 编码蛋白激酶 直肠癌 MSH2, MLH1 DNA 修复 囊性纤维化 YCF1 金属抗性 强直性肌营养不良 YPK1 编码蛋白激酶 1型神经纤维瘤 IRA2 编码调节蛋白 Bloom‘s综合征, Werners 综合征 SGS1 DNA 解旋酶 Wilson‘s 病 CCC2 铜转运? /wiki/Zoo_blot A zoo blot or garden blot is a type of Southern blot that demonstrates the similarity between specific, usually protein-coding, DNA sequences of different species. A zoo blot compares animal species while a garden blot compares plant species. In order to understand the degree to which a particular gene is similar from species to species, DNA preparations from a set of species is isolated and spread over a surface. The sequence of interest is labeled and allowed to hybridize to the prepared DNA. Usually, the labeled DNA is marked with a radioactive isotope of phosphorus. The hybridization is a process that happens spontaneously: DNA pairs with complementary strands. The hybridization, however, is not perfect. The hybridization