菌种鉴定.pptVIP

菌种鉴定 制作人：张立岩 内容 简述 16sRNA鉴定菌种 总结 传统的细菌学检验与鉴定的主要依据是形态特征和生理性状,需要进行细菌培养及一系列生化反应或免疫学检测.方法复杂费时,对有些细菌也往往不能给出理想的鉴定结果。 诸如引起肺结核的分支杆菌，其生长缓慢，经常要培养几周才能得到供生物化学分析，鉴定和株系/亚种分型(subtyping)的纯净培养物。通过传统的培养和生物化学分析方法对其检测和鉴定费时且费用大，影响医生给予患者最合适的治疗。因为如果不能对细菌进行快速精确的鉴定，医生只能给患者开广谱抗生素，因而引发无效治疗和细菌耐药性。 简述 分子生物学鉴定 随着分子生物学技术的发展,PCR 技术以快速、敏感和特异等优点迅速地应用到微生物检测领域 。 DNA所包含的遗传信息决定了不同种生物之间以及同种生物的不同亚种/株系之间的差异。因此分子诊断对细菌的分型比传统方法更为准确。 类别 分子生物学 菌种鉴定 PCR-RFLP分析法 16S rDNA序列分析法 REP-PCR指纹法 RAPD-PCR是使用较短的寡核苷酸引物扩增一群长度不等的DNA片段混合物，这些产物经琼脂糖凝胶电泳呈现出的带型，反映了用于扩增模板的DNA分子的总体结构特征，所以能够测出2个生物体（包括同一物种的不同个体）基因之间的差异。亲缘关系越近的种，PCR扩增带型就越相似，反之差异悬殊。 RAPD-PCR 目前在细菌分类学及菌种鉴定研究中最有用和最常用的分子是rRNA。rRNA 结构既具保守性又具高变性。保守性反映生物物种的亲缘关系,高变性则揭示生物物种的特征核酸序列,是属种鉴定的分子基础。rRNA 的这种特性使得这一段核酸序列成为目前人们利用PCR 技术检测不同细菌种间或种内差异的最为理想的模板。 一般的菌种鉴定还是最常用16S rDNA分析.由于它能快速准确地对微生物进行分类鉴定,所以它在分类学中的核心地位不可替代,还是受人们的青睐.但当16S rDNA序列同源性大于99.5％时难以获得准确的鉴定结果. 卡拉胶：一种红藻多糖，由1,3-β-D-吡喃半乳糖和1,4-α-D-吡喃 半乳糖作为基本骨架，交替连接而成的线性多糖。 加拿大Labatt公司的研究人员在啤酒腐败菌的乳酸菌的检测中 使用5S和16SRNA基因进行PCR扩增，用于菌种的特性鉴定。 已成功地对乳杆菌、片球菌、明膜串珠菌属中的菌株做出鉴定。 现状 16S rDNA序列分析法 具体流程 基因组的制备 PCR克隆16sRNA 阳性克隆鉴定，测序 同源性分析，系统进化树建立 系统发育树 根据同源性分析结果和系统发生树来判定该菌株为Cellulophaga属细菌, 命名Cellulophaga sp.QY201。 总结 筛选得到一株高产酶菌株QY201，该菌株具有酶活高、降解 速率快、并且能同时分泌出κ-、ι-、λ-卡拉胶酶等特点。 通过采用形态观察和16S rDNA技术，菌株QY201可以鉴定为 Cellulophaga属，命名为Cellulophaga sp.QY201。 加拿大Labatt公司的研究人员在啤酒腐败菌的乳酸菌的检测中使用5S和16SRNA基因进行PCR扩增，用于菌种的特性鉴定。已成功地对乳杆菌、片球菌、明膜串珠菌属中的菌株做出鉴定。 Thanks! * 我的报告将从以下三个方面进行论述 * PCR-RFLP法分辨力弱,可用于种到属水平的研究,16S rDNA序列相似性在96％以上,酶切图谱就难以区分了,但在不经过微生物分离培养的原位微生物多样性的研究中仍具有重要的作用. REP-PCR法最简单,分辨能力最强,可鉴别16S rDNA序列同源性大于99.5％甚至完全相同的不同菌株; * 我的报告将从以下三个方面进行论述 * PCR-RFLP法分辨力弱,可用于种到属水平的研究,16S rDNA序列相似性在96％以上,酶切图谱就难以区分了,但在不经过微生物分离培养的原位微生物多样性的研究中仍具有重要的作用. REP-PCR法最简单,分辨能力最强,可鉴别16S rDNA序列同源性大于99.5％甚至完全相同的不同菌株;